Во-вторых, датирование методом
молекулярных часов показало, что последний общий пращур головной и платяной вшей жил примерно 72 000 лет назад!
Этот регуляторный аппарат создан для того, чтобы включать и выключать генетически запрограммированные
молекулярные часы, время на которых устанавливается по солнечному свету.
Поскольку в настоящее время накоплено много данных, указывающих на то, что гипотеза
молекулярных часов часто нарушается, таким образом метод присоединения соседей становится предпочтительным дистанционным методом для построения дерева.
Несмотря на то что зачастую можно наблюдать значительную дисперсию
молекулярных часов, такие измерения с уверенностью показывают, что доля нейтральных мутаций среди зафиксированных и в самом деле весьма существенна (Bromham and Penny, 2003; Novichkov et al., 2004).
Таким образом,
молекулярные часы означают, что количество мутаций на любом ребре пропорционально прошедшему времени, при этом константа пропорциональности представляет собой постоянную скорость мутации.
Привет! Меня зовут Лампобот, я компьютерная программа, которая помогает делать
Карту слов. Я отлично
умею считать, но пока плохо понимаю, как устроен ваш мир. Помоги мне разобраться!
Спасибо! Я стал чуточку лучше понимать мир эмоций.
Вопрос: ревокация — это что-то нейтральное, положительное или отрицательное?
Построение дерева с помощью UPGMA предполагает
молекулярные часы.
Достоверны только для стабильных
молекулярных часов.
Кроме того, чрезвычайно информативным оказался и филогенетический анализ этой универсальной консервативной молекулы: он показал, что рРНК, в некотором приближении, эволюционирует с постоянной скоростью, то есть подчиняется модели
молекулярных часов.
Но в результате открытий, сделанных в 20-м веке, стало понятно, что даже в отношении внутреннего устройства часов и живых организмов аналогия более чем корректна: живые организмы – это своего рода «органические
молекулярные часы», причём крайнего уровня сложности, на много порядков превышающей сложность обычных механических часов.
Если предположение о
молекулярных часах справедливо для эволюции связанных последовательностей, то расстояния в дереве имеют постоянное значение.
Напомним, что
молекулярные часы просто означают, что скорость мутаций постоянна для всех рассматриваемых линий.
Если предположить, что существуют
молекулярные часы, то независимо от того, рисуем ли длины рёбер, представляющие количество мутаций или только прошедшее время, то нарисуем одну и ту же фигуру с точностью до масштаба этой константы.
Если гипотеза
молекулярных часов справедлива для корневого метрического дерева, то каждый лист будет расположен на одинаковом общем расстоянии от корня дерева.
Без
молекулярных часов связь между количеством мутаций вдоль рёбра и количеством времени может быть сложной для моделирования.
Этот метод создаёт корневое дерево и предполагает наличие
молекулярных часов.
Обратите внимание, что предположение о
молекулярных часах неявно присутствовала в UPGMA.
Если длины трёх рёбер равны 0.1, 0.1 и 0.2, объясните, почему гипотеза о
молекулярных часах может быть верной.
Как повлияли на результаты
молекулярные часы, работающие в симуляции?
Это так называемые
молекулярные часы: мы подсчитываем различия молекулярных последовательностей современных видов.
Самцы C. elegans охотно спариваются с самками C. remanei, но эти браки бесплодны (как-никак два вида разошлись, судя по показаниям
молекулярных часов, около 80 млн лет назад, а для развития генетической несовместимости обычно хватает нескольких миллионов лет).
Биохимики разработали метод определения молекулярных мутаций, накапливающихся с определённой скоростью в химическом составе протеинов; этот метод получил название
молекулярных часов.
Подобные
молекулярные часы «обратного отсчёта» служат естественным механизмом защиты от рака, предотвращающим стихийное деление клеток.
Учитывая открытие консервативности белок-кодирующих последовательностей и гипотезу
молекулярных часов, оказалось естественным перейти к конструированию филогенетических деревьев на основе (не)похожести этих последовательностей, что должно было показать примерное время возникновения расхождений в последовательностях генов (белков) от общего предка.
На этом принципе основан замечательный метод
молекулярных часов, с которым мы познакомимся в следующем разделе.
Это и есть знаменитые
молекулярные часы.