COVID-19/SARS-CoV-2

Александр Герасимович

В книге приведены данные о свойствах вируса, его происхождении, патофизиология, клинические данные, осложнения, диагностика, лечение и прогноз, вакцинация против SARS-CoV-2 и многое другое. Рекомендации по лечению и диагностике основаны на документации ВОЗ, SISET, ISTH, AIFA, NIH, SIMG, RCPCH, RCOG, NICE. Книга будет полезна студентам медицинских ВУЗов, преподавателям, педиатрам, гинекологам, сотрудникам отделений COVID-19 и всем, кто хочет узнать больше о COVID-19. 2023 г.

IV. ПРОИСХОЖДЕНИЕ ВИРУСА

В определенный момент вирус в своем природном очаге мутировал и приобрел новый протеин, который сделал его опасным для человека. Это произошло в процессе спилловера (англ. spillover).

Однако, данные систематического анализа предложили три постулированные гипотезы относительно происхождения SARS-CoV-2, которые включают зоонозное происхождение, лабораторное происхождение и неясное происхождение. [425]

Резервуар вируса — летучие мыши (Rhinolophus sinicus [12]); промежуточный хозяин: ящерица панголин (Manis javanica)? [615—617] Существование промежуточного животного-хозяина SARS-CoV-2 между вероятным резервуаром летучей мыши и людьми все еще находится в стадии исследования. [13] Этим промежуточным животным-хозяином может быть домашнее животное, дикое животное или одомашненное дикое животное. [71]

22 января 2020 в Journal of Medical Virology Wei Ji и соавторами было опубликовано исследование о том, что SARS-CoV-2 обладает наиболее сходной генетической информацией с коронавирусом летучей мыши и наиболее схожим смещением в использовании кодонов со змеиным коронавирусом. Тем не менее, последующие исследования показали, что источником вируса всё же являются летучие мыши.

Обнаружение белка AS-SCoV2 и bat-SL-RatG13 у вируса SARS-CoV-2 позволило предположить, что новый коронавирус, вероятно, возник в результате генетического дрейфа из bat-SL-CoV-RaTG13 [15] или Bat SARSr CoV-ZC45, Bat SARSr CoV-ZXC21. [93]

В исследовании «Genomic variance of the 2019‐nCoV coronavirus» обнаружено, что геном CoV летучей мыши на 96,2% идентичен геному 2019-nCoV, также набор белков SARS-CoV-2 на 77,1% идентичен протеому вируса SARS. [16] Исследования множественного анализа последовательностей показали, что последовательности генома SARS-CoV-2 демонстрируют более чем 99% идентичность [16,90,91]. Низкая гетерогенность последовательностей свидетельствует о том, что все эти SARS-CoV-2 происходили от одного и того же источника в течение очень короткого периода. [90] При анализе 160 полных геномов SARS-CoV-2 человека в начале пандемии исследователи из Кембриджского университета обнаружили три центральных типа вируса, отличающихся аминокислотным изменением: A, B и C. Типы A и C были обнаружены, в основном, у европейцев и американцев, тогда как тип B был наиболее распространенным типом в Восточной Азии. [111] В начале пандемии уровень мутаций SARS-CoV-2 был низок, и не было никаких доказательств того, что произошла вирусная рекомбинация. [93]

Учёные пришли к выводу, что вирус SARS-CoV-2 не произошел непосредственно от панголинов. Однако, из-за ограниченных метагеномных данных о вирусах, полученных из панголинов, нельзя исключить, что другие китайские панголины могут содержать коронавирусы, которые демонстрируют большее сходство с вирусом SARS-CoV-2. [17]

Анализ общедоступных данных о последовательности генома из SARS-CoV-2 и родственных вирусов не выявил доказательств того, что вирус был произведен в лаборатории. [31] Все имеющиеся на сегодняшний день доказательства свидетельствуют о том, что вирус имеет естественное животное происхождение и не является манипулируемым или сконструированным вирусом. (ВОЗ 2020, Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report — 94) [71]

На основании имеющейся информации в начале вспышки не было известно, оказывает ли SARS-CoV-2 влияние на здоровье животных, и о конкретных событиях не сообщалось у конкретных животных. [14]

Однако, в начале февраля 2020 года собака из Тай-Хана, Гонконг, которая жила в той же семье, что и пациент с COVID-19, стала положительной на SARS-CoV-2 при ОТ-ПЦР, и не имела клинических признаков.

На факультете ветеринарной медицины Университета Льежа была обнаружена РНК вируса SARS-CoV-2 в кале кошки с рвотой и клиническими признаками заболеваний органов пищеварения и дыхательных путей. Кот заболел через 1 неделю после возвращения хозяина из Италии. Он имел клинические симптомы (анорексия, диарея, рвота, кашель и поверхностное дыхание), совместимые с классической коронавирусной инфекцией (респираторные и / или пищеварительные симптомы). У кошки был положительный результат на вирус SARS-CoV-2 в последующих пробах стула и желудочного сока. Положительные результаты ПЦР были подтверждены секвенированием. Через девять дней после появления клинических симптомов состояние кошки улучшилось. Мнение Научного комитета: «Научный комитет принял к сведению сообщения о предполагаемых случаях обнаружения вируса SARS-CoV-2 у домашних животных (2 собаки в Гонконге и 1 кошка в Бельгии). На основании этих данных Научный комитет считает низким риск передачи вируса от человека к животным». [73]

Позже также сообщалось об обнаружении SARS-CoV-2 у тигра из зоопарка в Нью-Йорке. [72]

Ещё одно исследование показало, что SARS-CоV-2 легко заражал кошек и хорьков, но обладает слабой способностью заражать собак, свиней, кур и уток. [92]

Было обнаружено, что значительный процент животных инфицирован SARS-CoV-2, при этом норка входит в число наиболее частых животных, за ней следуют собаки и кошки. [536]

Некоторые млекопитающие, включая кошек, собак, полевок, хорьков, летучих мышей, хомяков, норок, свиней, кроликов, енотовидных собак и белохвостых оленей, заразились вирусом естественным путем. Некоторые лабораторные открытия показали, что такие животные, как кошки, хорьки, фруктовые летучие мыши, хомяки, енотовидные собаки и белохвостые олени, могут передавать болезнь другим животным того же вида. [583]

Большинство моделей COVID-19 на животных повторяли мягкую модель человеческого COVID-19 с фенотипом полного выздоровления. Серьезных заболеваний, связанных со смертностью, не наблюдалось, что свидетельствует о большом разрыве между COVID-19 в моделях человека и животных. [595]

В отчете Нацразведки США в конце августа 2021 года говорится, что все разведагентства США рассматривают две версии происхождения вируса: естественный контакт с инфицированным животным или инцидент, связанный с лабораторией Уханьского института вирусологии. При этом, в разведке считают, что коронавирус не был разработкой биологического оружия. Большинство разведагентств также полагают, что SARS-CoV-2 не был создан с помощью генной инженерии. [183]

Недавно директор Федерального бюро расследований США Кристофер Рэй заявил, что коронавирус «скорее всего» был спровоцирован утечкой из лаборатории в Китае. Об этом он сказал в интервью телеканалу Fox News. По его словам, в ФБР давно считают, что причиной пандемии «вероятно является потенциальный инцидент в лаборатории в Ухане, Китай».

Несмотря на то, что зоонозное происхождение SARS-CoV-2 до сих пор окончательно не установлено, другие данные предполагают зоонозное происхождение, в отличие от некоторых альтернативных концепций, включая вероятность лабораторной аварии или утечки. Данные показывают, что зоонозное происхождение имеет более высокую доказательную поддержку, чем лабораторное происхождение. [425]

5 июля 2020 г. британский эпидемиолог Том Джефферсон, почетный старший научный сотрудник Центра доказательной медицины (CEBM) Оксфордского университета [239], выдвинул гипотезу о том, что вирус SARS-CoV-2 является «спящим» вирусом и что он был активирован, породив эпидемию COVID-19 в результате конкретных и малоизвестных экологических обстоятельств; в поддержку этой гипотезы два факта [240] [241]:

— по мнению исследователей из Института Макса Планка и Каролинского Института, вирус уже присутствовал во времена неандертальцев, на самом деле они обнаружили унаследованный от неандертальцев геномный сегмент размером ~ 50 kb, который встречается с частотой ~ 30% в Южной Азии и ~8% в Европе [242];

— вирус был обнаружен задолго до вспышки COVID-19 в разных сточных водах из разных канализационных систем по всему миру. [243] [244]

До сих пор не было доказательств того, что морепродукты с рынка в Ухане вызвали пневмонию, связанную с SARS-CoV-2. [37] Хотя, пробы окружающей среды, взятые с этого рынка в декабре 2019 года, дали положительный результат на SARS-CoV-2, что еще раз свидетельствует о том, что рынок в городе Ухань был источником этой вспышки или играл роль в её первоначальном усилении. [71]