Через год после возвращения из-за границы, 21 мая 1746 года, Кирилл Григорьевич был назначен президентом Академии наук, «в рассуждении усмотренной в нем особливой способности и приобретенного в науках искусства».
Подозрениями ничего нельзя было доказать, но подозрения могли остаться в голове императрицы, да и, кроме подозрений, Екатерина Алексеевна знала, как Елизавету Петровну должно было раздражить ее вмешательство в дела и значение, ею приобретенное.