СТРОЕ́НИЕ, -я, ср. 1. Устар. Действие по глаг. стро́ить (в 1 и 2 знач.).
Все значения слова «строение»МАТЕ́РИЯ, -и, ж. 1. Филос. Объективная реальность, существующая вне и независимо от человеческого сознания.
Все значения слова «материя»Если подробности о малых расстояниях, или микроструктура теории, всё же известны, можно вывести некоторые величины из более фундаментальных закономерностей строения материи.
Такое строение материи может использоваться при создании будущих сверхпрочных материалов, что хорошо для водолазов, солдат в период боевых действий и т. д.
Здесь я не хочу оспорить молекулярную теорию строения материи, которая в упрощённом, но вполне практическом, смысле даёт понятие о строении вещества.