Что такое COVID19/SARS-CoV-2

Александр Герасимович

Вирус лишил нас привычной жизни, однако, мы не должны никого в этом винить. Мы должны объединиться, набраться сил, смелости и терпения, сохранять спокойствие и мыслить здраво, помогать тем, кто в этом нуждается. Только так мы сможем победить вирус, только так мы сохраним своё физическое и психическое здоровье. Информация отредактирована и дополнена в сентябре 2021 г.

Непосредственно о COVID‐19

Новый коронавирус появился в китайском городе Ухань (Wuhan) 25 ноября 2019 года [1]. 11 февраля 2020 Международный комитет по таксономии вирусов дал ему официальное название SARS-CoV-2 (изначально его называли 2019-nCoV). По данным ВОЗ, вспышка связана с циркуляцией инфекции на рыбацком оптовом рынке Хуаньань в Ухане, где также продавались живые животные. Этот рынок был закрыт 1 января 2020 г.

Из числа возможных возбудителей болезни были исключены грипп, птичий грипп, SARS-CoV, MERS-CoV и другие. Симптомы заболевания у 41 заболевшего с подтвержденным заболеванием наступили в период с 8 декабря 2019 г. по 2 января 2020 г. [2]

Пандемия, несомненно, застала нас врасплох. Многие страны оказались неготовыми к эпидемии, другие же стали примером для остальных. В некоторых странах сначала удалось сдержать вспышку (Тайвань, Япония), в других вирус распространился быстрее (Италия, Испания, Иран). Был нанесен вред экономикe многих стран, здравоохранению и социальному благополучию населения.

Распространение вируса в начале эпидемии

Эпидемиология

По состоянию на 7 сентября 2021 года в мире зафиксировано 220 млн. подтверждённых случаев COVID-19, погибли более 4.5 млн. человек. Из них в Италии 4,58 млн. случаев, 130000 погибших [3] (в т.ч. 360 медицинских работника [4]).

ВОЗ, случаи COVID-19 и мировая смертность, сентябрь 2021

С 30 августа по 5 сентября 2021 г. было зарегистрировано более 4,4 миллиона новых случаев заболевания, глобальная заболеваемость COVID-19 за август оставалась стабильной.

Смертность в первую неделю сентября снизилась во всех регионах, кроме Американского региона и Европы, где смертность увеличилась на 17% и 20%, соответственно.

Регионы, в которых еженедельно регистрируются самые высокие показатели заболеваемости и смертности на 100000 населения: регионы Америки (172,4 новых случая; 2,5 случая смерти на 100000 населения) и Европа (122,8 новых случая; 1,6 смертей на 100000 населения).

Наибольшее количество новых случаев было зарегистрировано в Соединенных Штатах Америки (1 297 399 новых случаев), Индии (293 643 новых случая), Соединенном Королевстве (243 125 новых случаев), Исламской Республике Иран (208 089 новых случаев) и Бразилии (152 154 новых случая).

В глобальном масштабе случаи альфа-штамма зарегистрированы в 194 странах, территориях или областях, в то время как 141 страна сообщила о случаях бета-штамма; 92 страны сообщили о случаях гамма-штамма; и 174 страны сообщили о случаях штамма Дельта. [223]

Пандемия распространилась на более чем 190 стран; потребовалось более трех месяцев, чтобы достичь первых 100 000 подтверждённых случаев, и всего 12 дней, чтобы достичь следующих 100000. 30 января 2020 г. Всемирная организация здравоохранения объявила эту вспышку чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения, имеющей международное значение. 11 марта 2020 г. ВОЗ определила вспышку как пандемию.

Для сравнения, во время вспышки SARS-CoV было более 8000 подтвержденных случаев и 800 погибших по всему миру; во время MERS-CoV — 2494 подтвержденных случая и 858 погибших. [98]

Что касается смертности по некоторым странам, то, по состоянию на 2 апреля 2020, официальная статистика показала, что в Германии было зарегистрировано 872 погибших от COVID из 73522 подтвержденных случаев, что соответствует коэффициенту смертности 1,2% [108]; при этом, в Италии смертность 11,9%, 9% в Испании, 8,6% в Нидерландах, 8% в Великобритании и 7,1% во Франции. [109]

Возможные причины низкой смертности в Германии: быстрое реагирование и принятие необходимых мер, массовое тестирование, отсутствие случаев передачи инфекции в домах престарелых или внутрибольничных вспышек. [110]

COVID‐19 — зооноз [71] (т.е. резервуаром вируса являются животные). Источник инфекции — больной человек и реконвалесцент (человек, который выздоравливает), выделяющие вирус в окружающую среду при кашле и процедурах, сопровождающихся повышенным образованием аэрозолей (БАЛ, интубация, бронхоскопия и др.). В шестом руководстве Китая по COVID-19 отмечалось, что бессимптомные пациенты также могут служить источником инфекции.

Соотношение подтвержденных случаев по полу (М:Ж) составляет 1,03: 1. Для мужчин средний возраст составляет 52 года (IQR 37—65), а для женщин 50 лет (IQR 35—64). [5]

R0 (индекс репродукции, reproductive number) = 2—2,5 [38], по некоторым данным 5,7 [42]. Индекс репродукции дельта-штамма R0=5.08. [176] Индекс репродукции — это количество здоровых человек, которым больной может передать вирус. R0 SARS-CoV-2 растет с увеличением числа подтвержденных случаев, и до настоящего времени он превысил R0 MERS (R0 = 0,6) и SARS (R0 = 1). [96]

Распространение вируса при ветре 4км/час — на расстояние 6м за 5 секунд.

Смертность: около 0,66% в Китае, 2,7% вне Китая [43] (для сравнения, при гриппе смертность обычно значительно ниже 0.1%). [38]

Стабильность при разных условиях окружающей среды (в экспериментальных условиях):

Температура: 4° С — выживаемость более 14 дней, 22° С — выживаемость от 7 до 14 дней, 70° С — выживаемость до 5 минут.

Выживание на поверхностях: бумага — до 3 часов, одежда и дерево — до 2 дней, сталь и пластик — до 7 дней, стекло — до 4 дней, банкноты — до 4 дней, внешняя поверхность маски — больше 7 дней. Вирус чувствителен к бытовому отбеливателю, этанолу (70%), хлоргексидину (0,05%) и т. д. [10]

Этиология

Новый вирус SARS-CoV-2 — это несегментированный РНК-содержащий (single-stranded, ssRNA+) бетакоронавирус (относится к тому же семейству, что и MERS-CoV и SARS-CoV), Baltimore group IV. Принадлежит к семейству Coronaviridae, подсемейству Orthocoronavirinae, род Betacoronavirus, подрод Sarbecoviridae. Размер вируса — 0,1 микрон (60—140 нм).

На вирусной поверхности находятся гликопротеиновые «шипы» — спайки (S, spike), состоящие из двух субъединиц (S1 и S2). [6] S-гликопротеин SARS-CoV-2 связывается с рецепторами клеток-хозяев через ангиотензин-превращающий фермент 2 (ACE2), что является решающим для проникновения вируса. [7] Было обнаружено, что TMPRSS2 (трансмембранная протеаза серина 2) является кофактором для проникновения SARS-CoV-2 в здоровые клетки. Протеаза TMPRSS2 способствует «энзиматическому срезанию» S1 и S2. Протеазы фурин и катепсин В и L способствуют освобождению попавших в клетку вирионов от капсидов (Bergmann et al, 2020, [231]). Коронавирусы также имеют мембрану (M), нуклеокапсид (N) и белки envelope (E).

Схематическое изображение SARS-CoV-2

Сегмент S1 связывается с рецепторами клеточной мембраны.

Сегмент S2 способствует слиянию вируса с клеткой.

Значение спайк-белка: начальная связь → протеолитическая активность → слияние с мембраной. [230]

Receptor-binding domain (RBD) вируса SARS-CoV-2 имеет более высокую аффинность для связи с рецептором ACE2, чем вирус SARS-CoV (более эффективное проникновение в клетку). Однако, аффинность целого протеина S вируса SARS-CoV-2 к рецептору ACE2 похожая или даже ниже, чем у SARS-CoV. RBD вируса SARS-CoV-2, скорее всего, менее незащищенный (lying down position), тогда как RBD вируса SARS-CoV имеет standing up position. [230]

SARS-CoV-2 состоит как минимум из 14 ORF [231] (Open Reading Frames) с полной длиной 29 903 bp. [93] Его геном похож на SARS-CoV с порядком генов 5» — ORF1ab-S-E-M-N-3». [93] Содержит также РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp).

SARS-CoV-2 считался генетически более стабильным, чем SARS-CoV и MERS-CoV. Однако, в публикации от 12 марта 2020 было сказано, что в геноме коронавируса SARS-CoV-2, который обнаружен у восьми госпитализированных пациентов в Сингапуре, зафиксирована делеция (потеря части генетического материала). [8] Как известно, позже произошло еще несколько делеций.

Геном SARS-CoV-2

2 больших ORF (open reading frames) кодируют 2 полипротеина (рр1а и рр1b), которые после протеолитической активности дают начало 16 неструктурным белкам (nsp).

Остальная часть состоит из interspersed open reading frames, которые кодируют добавочные и неструктурные белки, которые не являются существенными для репликации, но имеют иммуносупрессорную активность. [231]

Значение структурных составляющих вируса:

ORF1a — вирусная транскрипция/репликация;

ORF1b — вирусная транскрипция/репликация, рибосомальный сдвиг;

S — прикрепление к клетке и слияние с ней;

E — сборка вириона и морфогенез;

ORF7a — активирует выброс провоспалительных цитокинов для вирусного патогенеза;

N — сборка вирусного генома, транскрипция, сборка вириона.

Цикл репликации вируса в клетках дыхательных путей: прикрепление вируса к клетке хозяина и проникновение путем слияния с мембраной или эндоцитозом → освобождение вирусного генома → трансляция вирусного полимеразного протеина (рр1а и рр1b) → репликация РНК → субгеномная транскрипция → трансляция вирусных структурных протеинов → протеины S, E и М связываются с нуклеокапсидом → образование зрелого вириона → экзоцитоз. [232]

Комплекс репликации вирусной РНК состоит из неструктурных белков:

— nsp12 (RdRp)

— nsp7

— nsp8 (I/II).

Популяционный генетический анализ 103 геномов SARS-CoV-2 показал, что в начале 2020 г. вирус эволюционировал в два основных типа (L и S). Тип L (∼70%) был более распространен, чем тип S (∼30%). Тип S эволюционно старше и менее агрессивен. [9] В сентябре 2021 года штаммов уже намного больше.

Gis aid. Сентябрь 2021 [228]

Генетически, SARS-CoV-2 примерно на 79% похож с SARS-CoV и примерно на 50% с MERS-CoV. Zhang et al, 2020, Kirtipal et al, 2020.

Другие коронавирусы, патогенные для человека: SARS-CoV, MERS-CoV, HCoV-HKU1, HCoV-NL63, HCoV-OC43 и HCoV-229E.

Штаммы SARS-CoV-2

Эволюция вируса была ожидаемой, и чем больше распространяется SARS-CoV-2, тем больше у него возможностей для развития и мутаций. Снижение передачи с помощью установленных и проверенных методов борьбы с болезнью, а также недопущение интродукции в популяции животных являются ключевыми аспектами глобальной стратегии по сокращению появления мутаций, которые имеют негативные последствия для общественного здравоохранения.

На Gis aid доступны данные 3960 геномов SARS-CoV-2. Сент. 2021 [228]

Так, замещение D614G в феврале 2021 года увеличивает инфекционность вируса (Plante et al, 2020). Volz et al, 2021 опубликовал данные о том, что D614G ассоциировалось с более высокой вирусной нагрузкой и более молодым возрастом заболевших.

20 декабря 2020 года в Соединенном Королевстве был выделен штамм SARS-CoV-2 Альфа (ранее VUI 202012/01, изначально назван британским). Основные мутации штамма: делеция 69—70, делеция 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. Мутация N501Y произошла непосредственно в RBD.

Возможное происхождение штамма Альфа: длительное персистирование инфекции у иммунокомпрометированного пациента с возможным накоплением «escape mutations», либо вирус попал к животному, а от животного снова к человеку.

Ретроспективное когортное исследование (препринт) у людей с положительной реакцией на SARS-CoV-2 с помощью ОТ-ПЦР было проведено с использованием наборов медицинских данных в провинциях Онтарио и Альберта, Канада, которые были наиболее пострадавшими провинциями во время возобновления случаев заболевания в Канаде с февраля до мая 2021 года. За это время 30-дневные исходы для тех, кто был инфицирован VОС (n = 37902), из которых 91% (34 658/37 902) были инфицированы штаммом Alpha, показали более высокий риск смерти [скорректированное отношение шансов (aOR) 1,34 в Онтарио и 1,53 в Альберте] и госпитализации [aOR 1,57 в Онтарио и aOR 1,88 в Альберте] по сравнению с инфицированными не-VОС. [224]

В проспективном клиническом когортном исследовании госпитализированных и внебольничных случаев (n=1475), проведенном в период с 1 ноября 2020 года по 30 января 2021 года в Шотландии в рамках более крупного исследования в Соединенном Королевстве и опубликованном в качестве препринта, заражение альфа-штаммом было ассоциировано с повышенной клинической тяжестью [совокупный OR 1,40] по сравнению с инфекцией, не связанной с Alpha SARS-CoV-2. Кроме того, вирусная нагрузка в образцах, положительных на штамм Alpha, была ниже, чем в образцах с не-Alpha. [225]

Штамм Бета (ранее 501.V2, изначально назван южноафриканским) был впервые обнаружен в Южной Африке.

Также в начале января 2021 было известно о нигерийском штамме P681H. В мае 2021г. важные штаммы были переименованы литерами греческого алфавита. Хочется уточнить, что в период пандемии некорректно называть штаммы с привязкой к названию местности. Это вызывает стигматизацию населения.

Штамм Гамма (ранее Р.1) был впервые обнаружен в Бразилии в ноябре 2020 года.

Штамм Дельта (ранее B.1.617.2) был впервые обнаружен в Индии в октябре 2020 года. Именно этот штамм представляет сейчас основной интерес, т.к. его R0 близок к тому, что и при кори; по некоторым данным, R0=5.08. [176]

Недавнее исследование из Китая, опубликованное в качестве препринта, обнаружило более высокую вирусную нагрузку и более высокий риск пресимптоматической передачи у пациентов, инфицированных штаммом Delta, по сравнению с пациентами, инфицированными не-VОС SARS-CoV-2. [226] В ходе исследования было выявлено 167 пациентов, инфицированных штаммом Delta во время вспышки в провинции Гуандун. Средние оценки латентного периода и инкубационного периода составили 4,0 и 5,8 дня соответственно. Относительно более высокая вирусная нагрузка наблюдалась в случаях Delta. Исследование также показало, что SAR среди лиц, близко контактировавших с больными Дельта-штаммом, составил 1,4%, и 73,9% случаев передачи произошли до появления симптомов. Не вакцинированные (OR: 2,84) или вакцинированные одной дозой вакцины (OR: 6,02) с большей вероятностью передали инфекцию своим контактам, чем те, кто получил две дозы вакцины. [226] Хотя это исследование дает представление о различиях в инкубационном периоде и вторичной передаче штамма Дельта, это предварительные результаты, характерные для одной вспышки, и дальнейшие исследования помогут понять, как эти результаты могут быть обобщены на другие контексты.

Крупное национальное когортное исследование, проведенное в Соединенном Королевстве, выявило более высокий риск госпитализации или оказания неотложной помощи для пациентов с COVID-19, инфицированных штаммом Delta, по сравнению с пациентами, инфицированными штаммом Alpha. [227] В этом исследовании 2,3% (196/8682) пациентов, инфицированных штаммом Delta, против 2,2% (764/34656) пациентов, инфицированных штаммом Alpha, были госпитализированы в течение 14 дней после первого положительного взятого образца. Кроме того, HR для госпитализации и обращения за неотложной помощью был выше у пациентов, инфицированных штаммом Delta в течение 14 дней (5,7%), чем у пациентов, инфицированных штаммом Alpha (4,2%). Почти три четверти (74%) всех лиц в обеих группах, включенных в исследование, были непривитые. [227] В целом, эти результаты позволяют предположить, что вспышки штамма Дельта могут привести к большей нагрузке на службы здравоохранения, чем штамм Альфа, и эта нагрузка может быть даже большей в группах не вакцинированного населения.

Перечень всех штаммов с мутациями доступен по ссылке: covdb.stanford.edu/page/mutation-viewer.

В конце мая 2021 ВОЗ выделяет такие VОС и VOI (Weekly Epi Update 41, Weekly Epi Update 42), изменено и дополнено. Значимые штаммы VОС и VOI были переименованы буквами греческого алфавита

SARS-CoV-2, VОСs

SARS-CoV-2, VОIs

* covdb.stanford.edu/page/mutation-viewer

** Weekly_Epi_Update_55

*** https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants

Фенотипические характеристики штаммов, ВОЗ COVID-19 Weekly Epidemiological Update. Edition 54, published 24 August 2021

Фенотипические характеристики штаммов, ВОЗ

Цифры рядом с текстом указывают на источники информации.

ВОЗ, COVID-19 Weekly Epidemiological Update. Edition 47, 6 July 2021

На основании последних оценок VOI Epsilon (ранее B.1.427 / B.1.429), Zeta (ранее P.2) и Theta (ранее P.3) были реклассифицированы ВОЗ как «Alerts for further monitoring». Хотя все три варианта несут мутации с предполагаемым и / или установленным фенотипическим воздействием, зарегистрированное обнаружение этих вариантов со временем уменьшилось, что свидетельствует о снижении их соответствующей распространенности во всем мире и снижении рисков для здоровья населения по сравнению с другими VОС и VOI.

Штамм Эпсилон (ранее B.1.427 / B.1.429) был связан с повышенной трансмиссивностью, умеренным снижением чувствительности к некоторым видам лечения антителами и снижением нейтрализации сыворотками выздоравливающих и привитых. [173] По состоянию на 6 июля 2021 в GISAID было загружено чуть менее 50 000 последовательностей из 45 стран. [174]

Распространенность во всем мире среди секвенированных образцов снизилась с 5% на пике в начале февраля 2021 до менее 0,5% образцов в июне-июле 2021. [175] Подавляющее большинство всемирных последовательностей (98%) было зарегистрировано в Соединенных Штатах Америки, где штамм Epsilon был постепенно вытеснен появлением штаммов альфа, гамма, дельта и др. Более того, имеющиеся данные свидетельствуют о том, что вакцины и методы лечения остаются эффективными в случае с этим штаммом.

Штамм Zeta (ранее P.2) несет в себе пик аминокислотного изменения E484K, который участвует в устойчивости к нейтрализующим антителам; однако отсутствует совокупность мутаций, синонимичных другим VОС и VOI. Он возник в октябре 2020 года одновременно с увеличением заболеваемости в некоторых частях Южной Америки, что указывает на потенциальное увеличение риска. Глобальная распространенность образцов, секвенированных с наличием Zeta, оставалась относительно низкой и постепенно снижалась до очень низкого уровня (<0,5%) с марта 2021 года. По состоянию на 6 июля 2021 в GISAID было загружено 4439 последовательностей из 42 стран. Половина глобальных последовательностей (52%, n = 2319) происходит из Бразилии, где пик распространенности достиг около 55% в начале января 2021 года. После появления и доминирования VОС-гамма в Бразилии распространенность Zeta упала до <2% секвенированных образцов в течение апреля 2021 г. и продолжает снижаться. [177]

Штамм Тета (ранее P.3) содержит несколько аминокислотных изменений, указывающих на повышенную устойчивость к нейтрализующим антителам, и потенциально более трансмиссивен; однако общее количество обнаружений этого штамма на сегодняшний день остается относительно низким. По состоянию на 6 июля 2021 в GISAID было загружено 269 последовательностей из 14 стран. Большинство этих последовательностей (71%, n=191) были зарегистрированы на Филиппинах; преимущественно в Центрально-Висайском регионе, где группа случаев была выявлена ранее в 2021 году. [174] В глобальном масштабе были зарегистрированы только спорадические случаи выявления или небольшие группы случаев.

На данный момент интерес представляют штаммы Альфа, Бета, Гамма и, в частности, Дельта.

ВОЗ, сентябрь 2021. COVID-19 Weekly Epidemiological Update. Edition 56

В данный момент я веду также подробную хронологию о COVID, и подробнее напишу обо всем в моей новой книге (пока не знаю, когда прекращу регистрировать важные события касательно пандемии и когда эта книга будет опубликована).

Происхождение

В определенный момент вирус в своем природном очаге мутировал и приобрел новый протеин, который сделал его опасным для человека. Это произошло в процессе спилловера (англ. spillover).

Резервуар вируса — летучие мыши (Rhinolophus sinicus [12]); промежуточный хозяин: ящерица панголин (Manis javanica)? Существование промежуточного животного-хозяина SARS-CoV-2 между вероятным резервуаром летучей мыши и людьми все еще находится в стадии исследования. [13] Этим промежуточным животным-хозяином может быть домашнее животное, дикое животное или одомашненное дикое животное. [71]

22 января 2020 в Journal of Medical Virology Wei Ji и соавторами было опубликовано исследование о том, что SARS-CoV-2 обладает наиболее сходной генетической информацией с коронавирусом летучей мыши и наиболее схожим смещением в использовании кодонов со змеей. Тем не менее, последующие исследования показали, что источником вируса всё же являются летучие мыши.

Обнаружение белка AS-SCoV2 и bat-SL-RatG13 у вируса SARS-CoV-2 позволило предположить, что новый коронавирус, вероятно, возник в результате генетического дрейфа из bat-SL-CoV-RaTG13 [15] или Bat SARSr CoV-ZC45, Bat SARSr CoV-ZXC21. [93]

В исследовании «Genomic variance of the 2019‐nCoV coronavirus» обнаружено, что геном CoV летучей мыши на 96,2% идентичен геному 2019-nCoV, также набор белков SARS-CoV-2 на 77,1% идентичен протеому вируса SARS. [16] Исследования множественного анализа последовательностей показали, что последовательности генома SARS-CoV-2 демонстрируют более чем 99% идентичность [16,90,91]. Низкая гетерогенность последовательностей свидетельствует о том, что все эти SARS-CoV-2 происходили от одного и того же источника в течение очень короткого периода. [90] При анализе 160 полных геномов SARS-CoV-2 человека исследователи из Кембриджского университета обнаружили три центральных варианта вируса, отличающихся аминокислотным изменением: A, B и C. Типы A и C были обнаружены, в основном, у европейцев и американцев, тогда как тип B был наиболее распространенным типом в Восточной Азии. [111] В начале пандемии уровень мутаций SARS-CoV-2 был низок, и не было никаких доказательств того, что произошла вирусная рекомбинация. [93]

Учёные пришли к выводу, что вирус SARS-CoV-2 не произошел непосредственно от панголинов. Однако, из-за ограниченных метагеномных данных о вирусах, полученных из панголинов, нельзя исключить, что другие китайские панголины могут содержать коронавирусы, которые демонстрируют большее сходство с вирусом SARS-CoV-2. [17]

Анализ общедоступных данных о последовательности генома из SARS-CoV-2 и родственных вирусов не выявил доказательств того, что вирус был произведен в лаборатории. [31] Все имеющиеся на сегодняшний день доказательства свидетельствуют о том, что вирус имеет естественное животное происхождение и не является манипулируемым или сконструированным вирусом. (ВОЗ 2020, Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report — 94) [71]

На основании имеющейся информации в начале вспышки не было известно, оказывает ли SARS-CoV-2 влияние на здоровье животных, и о конкретных событиях не сообщалось у конкретных животных. [14]

Однако, в начале февраля 2020 года собака из Тай-Хана, Гонконг, которая жила в той же семье, что и положительный пациент с COVID-19, стала положительной на SARS-CoV-2 при ОТ-ПЦР, и не имела клинических признаков.

На факультете ветеринарной медицины Университета Льежа была обнаружена РНК вируса SARS-CoV-2 в кале кошки с рвотой и клиническими признаками заболеваний органов пищеварения и дыхательных путей. Кот заболел через 1 неделю после возвращения хозяина из Италии. Он имел клинические симптомы (анорексия, диарея, рвота, кашель и поверхностное дыхание), совместимые с классической коронавирусной инфекцией (респираторные и / или пищеварительные симптомы). У кошки был положительный результат на вирус SARS-CoV2 в последующих пробах стула и желудочного сока. Положительные результаты ПЦР были подтверждены секвенированием. Через девять дней после появления клинических симптомов состояние кошки улучшилось. Мнение Научного комитета: «Научный комитет принял к сведению сообщения о предполагаемых случаях обнаружения вируса SARS-CoV-2 у домашних животных (2 собаки в Гонконге и 1 кошка в Бельгии). На основании этих данных Научный комитет считает низким риск передачи вируса от человека к животным». [73]

Позже также сообщалось об обнаружении SARS-CoV-2 у тигра из зоопарка в Нью-Йорке. [72]

Ещё одно исследование показало, что SARS-CоV-2 легко заражал кошек и хорьков, но обладает слабой способностью заражать собак, свиней, кур и уток. [92]

До сих пор не было доказательств того, что морепродукты с рынка в Ухане вызвали пневмонию, связанную с SARS-CoV-2. [37] Хотя, пробы окружающей среды, взятые с этого рынка в декабре 2019 года, дали положительный результат на SARS-CoV-2, что еще раз свидетельствует о том, что рынок в городе Ухань был источником этой вспышки или играл роль в её первоначальном усилении. [71]

В отчете Нацразведки США в конце августа 2021 года говорится, что все разведагентства США рассматривают две версии происхождения вируса: естественный контакт с инфицированным животным или инцидент, связанный с лабораторией Уханьского института вирусологии. При этом в разведке считают, что коронавирус не был разработкой биологического оружия. Большинство разведагентств также полагают, что SARS-CoV-2 не был создан с помощью генной инженерии. [183]

Механизмы передачи

1) Прямой — капельный, от человека к человеку [97] (через капельки слюны зараженного пациента после длительного прямого контакта, более 15 минут, на расстоянии менее 1 метра). Является основным путём передачи вируса;

2) непрямой (контактно-бытовой) — при прикосновении к поверхностям, на которых находится вирус. Этот путь инфицирования менее вероятный. Команда вирусолога Хендрика Штрека из Хайнсберга пришла к выводу, что на поверхностях жизнеспособных вирусов нет — только нежизнеспособные.

В исследовании китайских врачей были упоминания об обнаружении вируса в фекальных массах больных. [18] Выделение вируса SARS-CoV-2 из образцов стула от пациентов с COVID-19 продемонстрировало, что SARS-CoV-2 может распространяться через фекалии. Тем не менее, фекально-оральный механизм передачи официально не подтверждён.

Кроме того, Xia и соавт. обнаружили РНК SARS-CoV-2 в двух образцах слёз и секрета конъюнктивы у одного пациента из 30 с конъюнктивитом и с диагнозом COVID‐19. У 29 остальных пациентов конъюнктивита не было. Исследователи отметили, что передача SARS-CoV-2 через конъюнктивальный секрет не распространена и менее вероятна, но также заявили, что риск передачи не может быть полностью исключен. [19] В Италии также обнаружили SARS-CoV-2 в образцах слёз пациента.

Риск, связанный с человеческой кровью для передачи другим людям, достоверно неизвестен. Имеются данные, что ни у одного реципиента тромбоцитов или эритроцитарной массы от доноров в Корее, у которых после донорства была диагностирована инфекция SARS-CoV-2 или был получен положительный результат на РНК SARS-CoV-2, не развились симптомы, связанные с COVID-19. [11]

Несмотря на отсутствие каких-либо доказательств передачи COVID-19 при донорстве органов [104], нельзя пренебрегать этим путем передачи, поскольку вирус был выделен из крови приблизительно у 15% пациентов [105].

Вертикальная передача SARS-CoV-2 (от матери к ребёнку) уже была обнаружена. [44—47] Однако, требуется больше исследований и доказательств, чтобы подтвердить этот вывод.

Вирус не был обнаружен в образцах пуповинной крови, плаценте или в вагинальном секрете.

РНК SARS-CoV-2 не была обнаружена в грудном молоке. [48,49]

Patrì и соавт. выдвинули гипотезу о возможном сексуальном пути передачи вируса. [86]

Ling Y и соавторы [102] продемонстрировали в своем исследовании из 66 пациентов, которые выздоровели от COVID-19, что вирусная РНК была обнаружена в образцах мочи у 6,9% пациентов, даже после того, как глоточные мазки стали отрицательными. Напротив, Wang W и соавт. [103] сообщили, что SARS-CоV-2 не был обнаружен в образцах мочи среди пациентов.

Нельзя пренебрегать такими путями, как передача во время переливания крови [106] или передача во время эндоскопической хирургии желудочно-кишечного тракта [107].

Факторы риска ТОРИ

К ним относится: возраст более 60 лет, сахарный диабет, артериальная гипертензия, сердечная и почечная недостаточность, проблемы с коагуляцией (венозный тромбоз в анамнезе), предшествующие хронические заболевания легких, неоплазии [88] (в частности, пациенты, получающие химиотерапию), курение [21,85] и злоупотребление алкоголем (ВОЗ, 2020), туберкулез. Пожилой возраст, сопутствующие заболевания, более высокий показатель SOFA и d-димера> 1 мкг / л при поступлении были связаны с более высокой смертностью. [22]

Ожирение связано с уменьшением резерва выдоха, функциональных возможностей дыхательной системы. У пациентов с повышенным абдоминальным ожирением легочная функция еще больше нарушается из-за уменьшения движения диафрагмы, что затрудняет вентиляцию легких [50].

Следует учитывать, что устройства для вейпинга подвергают риску усиления респираторного заболевания, вызванного SARS-CoV-2 из-за их потенциальной острой легочной токсичности. Кроме того, аэрозоли и пары, генерируемые электронными системами доставки вещества, могут участвовать в распространении вируса в непосредственной близости от инфицированных вирусом SARS-CoV-2. Рекомендуется прекратить использование электронных сигарет во время циркуляции SARS-CoV-2 или, по крайней мере, с момента появления симптомов. [121]

Zhang Q. еt al, 2020 предполагает, что генетические факторы также могут влиять на тяжесть заболевания.

В соответствии с данными о погибших от COVID19 в Италии на 7 сентября 2020г., у 27.9% была в анамнезе ИБС, у 23.8% ФП, у 16.1% сердечная недостаточность, у 11.1% инсульт, у 65.6% АГ, у 29.3% СД 2 типа, у 21.3% серьезное когнитивное нарушение (то, что все привыкли называть деменцией, данная формулировка сейчас более корректная), у 16.9% ХОЗЛ, у 17.1% активное онкозаболевание в течении последних 5 лет, у 4.6% хроническое заболевание печени, у 20.8% ХБП, 2.1% на диализе, 6.3% с ДН, у 0.2% ВИЧ, у 4.3% аутоиммунные заболевания, у 10.3% ожирение. Из них 3.5% без сопутствующих заболеваний, у 13.2% 1 заболевание, у 19.3% 2 заболевания, у 64% 3 и более сопутствующие патологии (Istituto Superiore di Sanità).

В настоящее время неизвестно, повышает ли иммунодепрессия, вызванная хроническими коинфекциями, такими как вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), риск тяжелой формы COVID-19 (ВОЗ, январь 2021).

Патогенез и патологическая анатомия

Патогенез

Патогенез COVID-19 на данный момент детально не изучен. Предполагается, что может быть идентичным патогенезу SARS.

После попадания в верхние дыхательные пути коронавирусы заселяют эпителиальные клетки носоглотки и ротоглотки, активно размножаются и разрушают эпителиальные клетки. Вирус может проникать в альвеолярные эпителиальные клетки, в которых он размножается. Готовые вирионы путем экзоцитоза перемещаются к наружной мембране клеток, что способствует слиянию эпителиальных клеток и образованию синцития. В дальнейшем происходит экссудация жидкости и белка, массивное разрушение сурфактанта и альвеолярный коллапс, снижение газообмена. После выздоровления пораженные участки, скорее всего, заменяются соединительной тканью.

Yan‐Chao Li и соавторы сделали предположение о тропности нового коронавируса к нервной ткани, так как у некоторых больных были такие симптомы, как головная боль, тошнота, рвота. Кроме того, ранее была обнаружена тропность SARS‐CoV и MERS‐CoV к нервной ткани.

Интраназальное введение SARS-CoV-1 или MERS-CoV мышам приводило к быстрому проникновению вирусных частиц в мозг, возможно, через обонятельную луковицу. Ствол мозга, в котором расположен дыхательный центр, был сильно инфицирован обоими типами вирусов, которые могут способствовать деградации и повреждению дыхательных центров. Были зарегистрированы, по меньшей мере, два случая человеческого энцефалита / энцефаломиелита, вызванных NCoV-OC43. [53]

У многих пациентов с COVID-19 наблюдалась аносмия [54]. Также сообщалось о случае энцефалита, ассоциированного с COVID-19 [55]. Следовательно, нельзя исключать интраназальный путь проникновения в мозг SARS-CoV-2.

Цикл репликации вируса в клетках дыхательных путей: прикрепление вируса к клетке хозяина и проникновение путем слияния с мембраной или эндоцитозом → освобождение вирусного генома → трансляция вирусного полимеразного протеина (рр1а и рр1b) → репликация РНК → субгеномная транскрипция → трансляция вирусных структурных протеинов → протеины S, E и М связываются с нуклеокапсидом → образование зрелого вириона → экзоцитоз. [232]

Быстрое ухудшение состояния у пациентов с COVID-19 связано с провоспалительным цитокиновым штормом. Соответственно, у пациентов с COVID-19 наблюдалось увеличение системного интерлейкина (IL) — 2, IL-6 и IL-7, гранулоцитарного колониестимулирующего фактора, фактора некроза опухоли α (TNF-α) и др. [112]

Было обнаружено, что перед смертью уровень нейтрофилов, D-димера, мочевины и креатинина в крови у пациентов с COVID-19 продолжал увеличиваться, а количество лимфоцитов продолжало снижаться. Эти изменения были связаны с цитокиновым штормом, что предполагает активацию системы коагуляции, постоянный воспалительный ответ и возникновение острого повреждения почек, что может быть связано с патогенезом обострения COVID-19 и объяснить смерть пациентов с COVID-19. [113]

Siddiqi et al, 2020 выделяет следующие фазы заболевания [189]:

— I — ранняя инфекция: легкие симптомы, повышение температуры тела, сухой кашель. В эту фазу характерна лимфопения.

— II — легочная фаза: одышка без (IIA) и с гипоксией (IIB) — PaO2/FiO2 <300 mmHg. В эту фазу характерны изменения в легких на КТ/рентгене, нормальные или низкие уровни прокальцитонина.

Конец ознакомительного фрагмента.