Понятия со словом «аннотировать»
Связанные понятия
Предсказание генов — это определение кодирующих и регулирующих последовательностей ДНК в геноме: белковых генов и генов функциональной РНК, промоторов, энхансеров и прочее.
Энциклопедия элементов ДНК (англ. The Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE) — международный исследовательский консорциум, созданный в сентябре 2003 года. Организован и финансируется американским Национальным институтом исследований генома человека (англ. National Human Genome Research Institute, NHGRI). Задуманный как продолжение проекта «Геном человека», ENCODE ставит целью проведение полного анализа функциональных элементов генома человека. Все результаты, получаемые в ходе реализации проекта...
Логотип последовательностей (англ. Sequence logo) (в биоинформатике) — метод графического представления консервативности нуклеотидов (в цепи РНК или ДНК) или аминокислот (в белках). Логотип строится по набору выровненных последовательностей. Этот метод позволяет на одном графике отразить следующие характеристики анализируемого участка...
Визуализа́ция да́нных секвени́рования РНК — способ визуального представления данных, полученных с помощью РНК-секвенирования (RNA-seq) в наглядной форме, с помощью которого можно увидеть картирование полученных чтений на геном и анализировать уровень экспрессии гена. Существует множество программ, позволяющих осуществить визуализацию.
Предсказа́ние фу́нкции белка́ — определение биологической роли белка и значения в контексте клетки. Предсказание функций проводится для плохо изученных белков или для гипотетических белков, предсказанных на основе данных геномных последовательностей. Источником информации для предсказания могут служить гомология нуклеотидных последовательностей, профили экспрессии генов, доменная структура белков, интеллектуальный анализ текстов публикаций, филогенетические и фенотипические профили, белок-белковые...
Сигнатурный анализ – это один из методов антивирусной защиты, заключающийся в выявлении характерных идентифицирующих свойств каждого вируса и поиске вирусов при сравнении файлов с выявленными свойствами. Одним из важных свойств сигнатурного анализа является точное определение типа вируса. Это позволяет занести в базу как сигнатуры, так и способы лечения вируса.
Сборка генома — процесс объединения большого количества коротких фрагментов ДНК (ридов) в одну или несколько длинных последовательностей (контигов и скаффолдов) в целях восстановления последовательностей ДНК хромосом, из которых возникли эти фрагменты в процессе секвенирования.
Релева́нтность (англ. relevance — актуальность, уместность) в информационном поиске — соответствие интента (поискового намерения), заложенного в запросе и выдаче в поисковой системе, полученной в результате этого запроса. Пользователь, который вводит запрос в поисковую систему ожидает, что результаты будут соответствовать намерению, которое он заложил в запросе, иными словами он получит релевантную выдачу.
Брэйнбоу – это метод нейровизуализации, в основе которого лежит использование флуоресцентных белков. Будучи внедрённым в геном животного, зелёный флуоресцентный белок и его генетически модифицированные варианты окрашивают нервные клетки в разные цвета (в общей сложности до 100 разных оттенков), что позволяет значительно более точно локализовать архитектуру нейронных связей отдельных клеток. Данный метод позволяет картографировать одновременно до 100 нервных клеток.
Семантическое ядро сайта (СЯ) — это упорядоченный набор слов, их морфологических форм и словосочетаний, которые наиболее точно характеризуют вид деятельности, товары или услуги, предлагаемые сайтом. Семантическое ядро имеет центральное ключевое слово, как правило высокочастотное, и все остальные ключевые слова в нём ранжируются по мере убывания частоты совместного использования с центральным запросом в общей коллекции документов. Таким образом, семантическое ядро представляется в виде семантического...
Сайт рестрикции (участок узнавания) — короткая последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК, которая распознаётся ферментом эндонуклеазой рестрикции-модификации (рестриктазой). Рестриктаза связывается с молекулой ДНК в точке расположения сайта рестрикции и перерезает цепочку нуклеотидов внутри сайта или в непосредственной близости от него.
Тепловая карта (англ. heatmap) — графическое представление данных, где индивидуальные значения в таблице отображаются при помощи цвета. Термин «heatmap» изначально был придуман и официально зарегистрирован как товарный знак разработчиком программного обеспечения Кормаком Кинни в 1991 году. Он использовал этот термин, чтобы описать 2D-дисплей, изображающий в режиме реального времени информацию финансового рынка.
О́блако те́гов (облако слов, или взвешенный список, представленное(-ый) визуально) — это визуальное представление списка категорий (или тегов, также называемых метками, ярлыками, ключевыми словами и т. п.) Обычно используется для описания ключевых слов (тегов) на веб-сайтах, или для представления неформатированного текста. Ключевые слова чаще всего представляют собой отдельные слова, и важность каждого ключевого слова обозначается размером шрифта или цветом. Такое представление удобно для быстрого...
Эволюционная дистанция — величина, характеризующая генетические различия между двумя организмами. Находится путём сравнения нуклеотидных последовательностей гомологичных генов. Мерой генетических различий считается процент несовпадений нуклеотидов в соответствующих позициях гена.
Позиционная весовая матрица (ПВМ) — биоинформатический метод, который применяется для поиска мотивов в биологических последовательностях.
Мно́жественное выра́внивание после́довательностей (англ. multiple sequence alignment, MSA) — выравнивание трёх и более биологических последовательностей, обычно белков, ДНК или РНК. В большинстве случаев предполагается, что входной набор последовательностей имеет эволюционную связь. Используя множественное выравнивание, можно оценить эволюционное происхождение последовательностей, проведя филогенетический анализ.
Интеракто́м (англ. Interactome) — термин молекулярной биологии, обозначающий полный набор взаимодействий между молекулами в отдельной клетке. Интерактом включает как непосредственные физические контакты между белками (белок-белковые взаимодействия), так и непрямые взаимодействия генов (например, эпистаз).
Секвенирование спаренных концов — один из методов секвенирования ДНК нового поколения, основанный на получении и секвенировании библиотеки спаренных концевых фрагментов (англ. paired-end tags, PET), в которой короткие 5’- и 3’- концевые участки фрагментов ДНК/кДНК соединены друг с другом.
Картирование коротких прочтений (англ. Short-Read Sequence Alignment, Short-Read Sequence Mapping) — биоинформатический метод анализа результатов секвенирования нового поколения, состоящий в определении позиций в референсном геноме или транскриптоме, откуда с наибольшей вероятностью могло быть получено каждое конкретное короткое прочтение. Обычно является первой стадией в обработке данных в случае, если известен геном исследуемого организма.
Синтения — по изначальному определению, расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме (независимо от того, наблюдается ли у них сцепленное наследование). Сегодня, однако, синтенией обычно называют ситуацию, когда расположение каких-либо локусов на одной и той же хромосоме наблюдается в разных наборах хромосом (например, у разных видов). Это явление также называют общей синтенией (англ. shared synteny). Если при этом совпадает и порядок этих локусов в хромосоме, это называется коллинеарностью...
Центральная догма молекулярной биологии — обобщающее наблюдаемое в природе правило реализации генетической информации: информация передаётся от нуклеиновых кислот к белку, но не в обратном направлении.
Цифровой тёмный век — термин, описывающий предполагаемый сценарий будущего, подразумевающий значительную трудность или невозможность открытия текстовых и любых других электронных документов ввиду их устаревшего формата.
Культурная аналитика (англ. Cultural Analytics) — область исследований, которая занимается изучением больших объёмов культурных данных, используя для этого методы визуализации и вычисления. Объектом исследований являются как оцифрованные культурные артефакты, так и цифровой медиа-контент.
Фолксоно́мия (англ. folksonomy, от folk — народный + taxonomy таксономия, от гр. расположение по порядку + закон) — народная классификация, практика совместной категоризации информации (текстов, ссылок, фото, видеоклипов и т. п.) посредством произвольно выбираемых меток, называемых тегами.
Персональная геномика является разделом геномики, связанным с секвенированием и анализом генома человека. Стадия генотипирования использует различные методы, включая однонуклеотидно полиморфные (МНП) анализирующие чипы (как правило, составляющие 0,02 % генома), а также частичное или полное секвенирование генома. После расшифровки генотипа его можно проанализировать при помощи опубликованной литературы для определения вероятности риска заболеваний.
Ионное полупроводниковое секвенирование (англ. Ion Semiconductor Sequencing) является методом определения последовательности ДНК, основанным на обнаружении ионов водорода, которые выделяются во время полимеризации ДНК. Это метод «секвенирования при синтезе», в ходе которого комплементарная цепь строится на основе последовательности матричной цепи.
Выравнивание последовательностей — биоинформатический метод, основанный на размещении двух или более последовательностей мономеров ДНК, РНК или белков друг под другом таким образом, чтобы легко увидеть сходные участки в этих последовательностях. Сходство первичных структур двух молекул может отражать их функциональные, структурные или эволюционные взаимосвязи. Выровненные последовательности оснований нуклеотидов или аминокислот обычно представляются в виде строк матрицы. Добавляются разрывы между...
Метод Сэнгера — метод секвенирования (определения последовательности нуклеотидов) ДНК, также известен как метод обрыва цепи. Впервые этот метод секвенирования был предложен Фредериком Сэнгером в 1977 году, за что он был удостоен Нобелевской премии по химии в 1980 году. Данный метод был наиболее распространенным на протяжении 40 лет.
Теория кодирования и декодирования Холла — критическая теория в области анализа приёма сообщений (англ. reception theory), сформулированная британским социологом Стюартом Холлом в труде «Encoding, decoding in the television discourse» (1973). В своих суждениях Холл основывался на примере телевидения, однако его подход применим и к другим масс-медиа.
Пиросеквени́рование — это метод секвенирования ДНК (определение последовательности нуклеотидов в молекуле ДНК), основанный на принципе «секвенирование путём синтеза». При включении нуклеотида происходит детекция высвобождающихся пирофосфатов. Технология была разработана Полом Ниреном (швед. Pål Nyrén) и его студентом Мустафой Ронаги англ. Mostafa Ronaghi) в Королевском технологическом институте (Стокгольм) в 1996 году.
Диаграмма классов (англ. Static Structure diagram) — структурная диаграмма языка моделирования UML, демонстрирующая общую структуру иерархии классов системы, их коопераций, атрибутов (полей), методов, интерфейсов и взаимосвязей между ними. Широко применяется не только для документирования и визуализации, но также для конструирования посредством прямого или обратного проектирования.
Гено́мная библиоте́ка представляет собой набор ДНК всего генома одного организма. Эта ДНК хранится в популяции идентичных векторов, каждый из которых содержит различные вставки ДНК.
Метод дробовика (англ. Shotgun sequencing) — метод, используемый для секвенирования длинных участков ДНК. Суть метода состоит в получении случайной массированной выборки клонированных фрагментов ДНК данного организма, на основе которых может быть восстановлена исходная последовательность ДНК.
Нормати́вный контро́ль в библиотечном деле — организация библиотечных каталогов и библиографической информации путём присвоения каждой теме определённого названия. Такие уникальные заголовки последовательно используются в каталоге и работают вместе с другими организационными данными, например, перекрёстными ссылками. Каждый заголовок имеет краткое описание пределов применимости и использования, такая организация помогает персоналу библиотек поддерживать каталог в актуальном состоянии и упрощает работу...
Мутационное тестирование (мутационный анализ или мутация программ) — это метод тестирования программного обеспечения, который включает небольшие изменения кода программы. Если набор тестов не в состоянии обнаружить такие изменения, то он рассматривается как недостаточный. Эти изменения называются мутациями и основываются на мутирующих операторах, которые или имитируют типичные ошибки программистов (например использование неправильной операции или имени переменной) или требуют создания полезных тестов...
В информатике трансклюзией называют включение одного электронного документа или его части в другие электронные документы посредством гипертекстовой ссылки. Трансклюзия обычно подразумевает отображение документа, на который делается ссылка. Документ (запись) отображается автоматически и доступен конечному пользователю. Кажется, что в результате трансклюзии образуется единый сложный документ, в то время как на самом деле его части были оперативно собраны из разных источников, которые могут храниться...
Подробнее: Трансклюзия
Петлевая изотермическая амплификация (Loop mediated isothermal amplification, LAMP) — техника амплификации ДНК в одной пробирке. Метод LAMP позволяет проводить молекулярную диагностику существенно дешевле и быстрее, по сравнению с ПЦР. При диагностике РНК-вирусов метод LAMP позволяет проводить обратную транскрипцию и амплификацию в одной пробирке, без переноса жидкости.
Тематическое моделирование — способ построения модели коллекции текстовых документов, которая определяет, к каким темам относится каждый из документов.
В связи с накоплением огромного количества информации о последовательностях генов, в настоящее время, для выявления функций генов, часто используют методы обратной генетики. Исследователи манипулируют последовательностями генов, изменяя или выключая тот или иной ген, и анализируют, к каким изменениям это приводит. Это путь обратной генетики: от гена к признаку/фенотипу. Прямая и обратная генетика – не взаимоисключающие подходы, а дополняющие друг друга в изучении функции гена.
Подробнее: Обратная генетика
Ксенобиология (от др.-греч. ξενος — «чужой, гость», сокращенно КБ) — подраздел синтетической биологии, изучающий создание и управление биологическими устройствами и системами. КБ описывает форму биологии, которая (пока) не знакома науке и не встречается в природе. На практике это обозначает новые биологические и биохимические системы, которые отличаются от канонической системы ДНК-РНК-20 аминокислот (см. классическую центральную догму в молекулярной биологии). Например, вместо ДНК или РНК, КБ исследует...
Сценарий использования, вариант использования, прецедент использования (англ. use case) — в разработке программного обеспечения и системном проектировании это описание поведения системы, когда она взаимодействует с кем-то (или чем-то) из внешней среды. Система может отвечать на внешние запросы Актёра (англ. actor) (может применяться термин Актант), может сама выступать инициатором взаимодействия. Другими словами, сценарий использования описывает, «кто» и «что» может сделать с рассматриваемой системой...
Открытые биомедицинские онтологии (OБO, англ. Open Biomedical Ontologies, ранее использовался термин англ. Open Biological Ontologies — Открытые Биологические Онтологии) — инициатива научного сообщества по выработке единого понятийного аппарата в различных отраслях биологии и медицины.
Микроформат (англ. microformat; иногда сокращённо μF или uF) — способ семантической разметки сведений о разнообразных сущностях (событиях, организациях, людях, товарах и так далее) на веб-страницах с использованием стандартных элементов языка HTML (или XHTML). Пользователь-человек может воспринимать страницу с микроформатом как обычную веб-страницу (через браузер), тогда как программы-обработчики способны извлечь из такой страницы структурированную информацию, следуя определённым соглашениям.
Предпочте́ние кодо́нов — понятие, описывающее явление неравных частот встречаемости синонимичных кодонов в кодирующих областях генома.
«Корчеватель: Алгоритм типичной унификации точек доступа и избыточности» — название квазинаучной статьи, написанной программой-генератором квазинаучных англоязычных текстов, переведённой машинным переводчиком и принятой в 2008 году к публикации в российском научном журнале из списка признанных государством научных журналов.
Вирусный эукариогенез — гипотеза происхождения эукариотического клеточного ядра в результате эндосимбиоза крупных ДНК-содержащих вирусов и метаногенных прокариот (архей). На основе вируса сформировалось ядро эукариотического типа, которое затем включило в свой геном гены хозяина и, в конечном итоге, перехватило управление клеткой. Гипотеза была предложена Филиппом Беллом в 2001 году и получила дополнительную поддержку при исследовании механизмов синтеза белка у крупных ДНК-содержащих вирусов, таких...
Секвенирование экзома — технология секвенирования всех белок-кодирующих генов в геноме (то есть экзома). Она состоит из двух шагов: первый шаг — выбор участков ДНК, кодирующих белки. Эти участки известны как экзоны. У человека насчитывается около 180 000 экзонов, что составляет примерно 1 % от размера генома, или приблизительно 30 миллионов пар нуклеотидов. Второй шаг — секвенирование экзонов с использованием любой платформы высокопроизводительного секвенирования ДНК.