Протоклетки
Протобионты, или протоклетки (англ. protocell or protobiont) — Термин обозначает гипотетический примитивный организм , который, согласно некоторым теориям происхождения жизни, возник бы из-за скопления органических веществ и представлял собой примитивнюю форму жизни, предшественницу клеток прокариот. Такие «организмы» могли бы представлять собой самоорганизуемые, эндогенно упорядоченные сферические скопления липидов , из которых, предположительно, произошла клеточная жизнь , или же бесклеточный агрегат органических полимеров, собранных самопроизвольно абиотически, окруженных мембранной структурой. Протобионты проявляют некоторые свойства, связанные с жизнью, такие как простое размножение, обмен веществ и возбудимость, а также поддержание внутренней химической среды, отличной от внешней.
Примером протобионтов являются эксперименты Александра Опарина и Сидни В. Фокса, которые показали, что такие структуры могут самопроизвольно образовываться в условиях, аналогичных тем, которые, как считается, существовали во время образования Земли. В этих экспериментах образовались липосомы и микросферы с мембранными структурами, подобными фосфолипидным бислоям клетки. В середине XX века были экспериментально получены сложные органические вещества при пропускании электрических зарядов через смесь газов и паров, которая гипотетически совпадает с составом атмосферы древней Земли. В качестве протоклеток Опарин рассматривал коацерваты — органические структуры, окружённые жировыми мембранами. Сидни В. Фокс в 1950-х и 1960-х годах изучал спонтанное образование пептидных структур в условиях, которые, вероятно, могли существовать в начале истории Земли. Он продемонстрировал, что аминокислоты могут спонтанно образовывать небольшие цепи, называемые пептидами. В одном из своих экспериментов он позволил аминокислотам высохнуть, как будто они растекались по поверхности в теплом сухом месте в условиях существовавших до появления жизни. Он обнаружил, что после высыхания аминокислоты образуют длинные, часто перекрестно соединенные (crosslinked) нитевидные микроскопические полипептидные глобулы, которые он назвал «протеиноидными микросферами».
Исходя из этого, обсуждались теории о, одновременном происхождении жизни и процесса эволюции . Было высказано предположение, что аналогично тому, как действует процесс эволюции в живых существах, эволюционные механизмы в химических соединениях также будут действовать до того, как возникнет жизнь.
В этом смысле такие ученые, как Мартин А. Новак и Хисаши Охцуки, постулировали, как и когда химическая кинетика становится эволюционной динамикой, формулируя общую математическую теорию происхождения эволюции.
Центральный вопрос эволюции — как протоклетки появились и начался процесс конкуренции, который привел к появлению жизни. Функциональные протоклетки до сих пор не были получены в лабораторных условиях, однако цель — понимание процесса — вполне достижима.
В 2008 году американские биологи сделали важный шаг к пониманию начальных этапов зарождения жизни. Им удалось создать «протоклетку» с оболочкой из простых липидов и жирных кислот, способную втягивать из окружающей среды нуклеотид-монофосфаты, активированные имидазолом — «кирпичики», необходимые для синтеза ДНК. В 2011 году японские учёные сообщили, что им удалось создать везикулы с катионной оболочкой и элементами ДНК внутри, способную к делению в результате полимеразной цепной реакции, реплицирующей ДНК.
Источник: Википедия
Связанные понятия
Пептидо-нуклеиновые кислоты (ПНК, англ. PNA, Peptide nucleic acid) — это химические вещества, похожие на РНК или ДНК. В настоящее время ПНК не обнаружены в составе живых организмов и получаются путём химического синтеза для использования в некоторых биологических экспериментах и медицине.
Протеородопсин — фотоактивный ретиналь-содержащий белок, обнаруженный у морских планктонных бактерий, архей и динофлагеллят. Как и его гомолог — бактериородопсин, открытый у архей, это трансмембранный белок, ковалентно связанный с ретиналем. Он действует как светозависимый протонный насос. Некоторые члены этого семейства (более 800 белков), как полагают, выполняют сенсорные функции. Представители этого семейства различаются по спектрам поглощения.
Протеиноиды , или термические белки, являются белкоподобными, молекулами, образующимися из аминокислот. Сидни В. Фокс первоначально предположил, что они, возможно, были предшественниками первых живых клеток ( протоклеток). Термин также использовался в 1960-х годах для описания пептидов, которые короче двадцати аминокислот, обнаруженных в гидролизованном белке, но этот термин больше не используется.
Иммуноэлектрофорез (ИЭФ) — метод исследования антигенного состава биологических материалов, сочетающий электрофорез и иммунодиффузию. Впервые описан Грабаром и Уильямсом в 1953 году, в 1965 году метод был модифицирован Шейдеггером с целью минимизации (т.н. микромодификация метода ИЭФ).
Мезосо́мы (англ. mesosome) — складки цитоплазматической мембраны бактерий, образующиеся при использовании химических методов фиксации во время подготовки образцов к электронной микроскопии. Хотя в 1960-е годы предполагалось естественное происхождение этих структур, они были признаны артефактами к концу 1970-х годов и в настоящее время большинством исследователей не считаются частью нормальной структуры бактериальных клеток.
Хатимодзи-ДНК (англ. Hachimoji DNA; от яп. 八 «hachi» — восемь и 文字 «moji» — буква) — дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) с восемью нуклеотидами, четыре из которых являются естественными и четыре — искусственно синтезированными. Впервые информация о синтезе хатимодзи-ДНК появилась в феврале 2019 года. Открытие этого типа ДНК стало возможным в результате научных исследований Фонда прикладной молекулярной эволюции США, финансируемым НАСА. По строению и свойствам хатимодзи-ДНК подобна природной ДНК...
Эволюционная химия — четвёртая концептуальная система химии, связанная с включением в химическую науку принципа историзма и понятия времени, с построением теории химической эволюции материи. Эволюционная химия изучает процессы самоорганизации вещества: от атомов и простейших молекул до живых организмов.
Катенация (лат. catena – цепь) — способность атомов химического элемента образовывать разветвленные и неразветвлённые цепи.
Кресцентин — белок, который является бактериальным гомологом промежуточных филаментов эукариотических клеток. У тубулинов и актинов, главных цитоскелетных белков, есть прокариотические гомологи — белки FtsZ и MreB; также белки промежуточные филаменты эволюционно связаны с белком кресцентином.
Биологические моторы (англ. biological motors) — моторные белки и белковые комплексы, генерирующие механическое усилие для осуществления движения клеток, внутриклеточного транспорта и других биологических процессов.
Хромопротеиды (от греч. chroma — краска) — сложные белки, состоящие из простого белка и связанного с ним окрашенного небелкового компонента — простетической группы. Различают гемопротеины (содержат в качестве простетической группы гем), магнийпорфирины и флавопротеины (содержат производные изоаллоксазина). Хромопротеиды участвуют в таких процессах жизнедеятельности, как фотосинтез, клеточное дыхание и дыхание всего организма, транспорт кислорода и углекислого газа, окислительно-восстановительные...
Подробнее: Хромопротеины
β-цилиндр - разновидность третичной структуры белков; β-складчатый слой, свернутый с образованием замкнутой структуры, в которой первая цепь водородными связями связана с последней. Как правило, β-цепи в β-цилиндрах расположены в антипараллельной ориентации. Чаще всего β-цилиндры формируют такие белки, как порины и другие пронизывающие мембраны белки, и белки, связывающие внутри цилиндра гидрофобные лиганды, такие как липокалины.
Подробнее: Бета-цилиндр
Нуклеопла́зма , или кариопла́зма, или ядерный сок, — один из типов протоплазмы, содержащийся в клеточном ядре и ограниченный ядерной мембраной. Нуклеоплазма представляет собой очень вязкую жидкость (коллоидный раствор белков), окружающую хроматин и ядрышко. В нуклеоплазме растворены многие вещества, например, нуклеотиды, необходимые для репликации ДНК, и ферменты, осуществляющие различные ядерные процессы (например, репликацию и репарацию ДНК, а также транскрипцию).
Све́дберг — внесистемная единица измерения коэффициента седиментации, который определяется как отношение скорости осаждения частиц, взвешенных в воде, к центробежному ускорению в центрифугах и ультрацентрифугах. Сведберг имеет размерность времени и численно равен 10−13 с.
Аффинная хроматография — разновидность лигандной хроматографии. В основе последней лежит реакция взаимодействия разделяемых примесей с лигандом, связанным с инертным носителем. В случае аффинной хроматографии в роли примесей выступают биологически активные вещества (белки, ферменты), вступающие с лигандом (тоже, как правило, органическим) в специфическое биохимическое взаимодействие. Например: антитело-антиген, гормон-рецептор и т. д. Именно высокая специфичность подобного взаимодействия обусловливает...
Гем а — вид гема, координационный комплекс макроциклического лиганда порфирина и атома железа.
Геммулы — гипотетические частицы наследственности, обеспечивающие наследование приобретённых организмом признаков в умозрительной «временной теории пангенезиса» Ч.Дарвина (1868 г.). Двигаясь с током крови, геммулы, согласно предположению Дарвина, собираются в половых элементах, и обеспечивают передачу информации в половые клетки об изменениях тела. Однако данная теория была в целом отвергнута после повторногo открытия законов Менделя.
Ферментати́вная кине́тика — зависимость скорости химической реакции от её условий — раздел биохимии, предметом которого являются химические реакции, катализируемые ферментами, изучающий закономерности течения во времени и механизм ферментативных реакций. Ферментативная кинетика занимается исследованием закономерностей влияния химической природы реагентов (субстратов, ферментов), количественным изучением эффектов варьирования условий (кинетики) той или иной химической реакции (концентрация, pH среды...
Магнитосо́ма (англ. Magnetosome) — органелла бактериальной клетки, представляющая собой окружённый мембраной цельный кристалл химически чистого магнетита (Fe3O4) или грейгита (Fe3S4). Бактерии, обладающие магнитосомами, способны к магнитотаксису — движению, связанному с реакцией клетки на магнитное поле (их называют магнитотактическими бактериями).
Теневая биосфера — гипотетическая микробная биосфера Земли, которая использует биохимические и молекулярные процессы, радикально отличающиеся от аналогичных процессов в известных в настоящее время организмах. Хотя жизнь на Земле относительно хорошо изучена, теневая биосфера всё же может остаться незамеченной, потому что исследование микробного мира направлено в первую очередь на биохимию макроорганизмов. Термин был придуман учеными Кэрол Клэнд и Шелли Копли в 2005 году.
Фотосистема представляет собой функциональную и структурную единицу белковых комплексов, которые осуществляют первичные фотохимические реакции фотосинтеза: поглощение света, преобразование энергии и перенос электронов. Фотосистемы находятся в тилакоидной мембраны растений, водорослей и цианобактерий (в растениях и водорослях они расположены в хлоропластах), либо в цитоплазматической мембране фотосинтезирующих бактерий. В общем случае все фотосистемы подразделяют на два типа — подобные фотосистеме...
Молекулярное распознавание (англ. molecular recognition) — избирательное связывание между двумя или более молекулами за счет нековалентных взаимодействий.
Репортёрные гены (гены-репортёры, англ. reporter gene) в молекулярной биологии — гены, которые присоединяют к регуляторным последовательностям других генов для исследования проявлений генов в культурах клеток. Некоторые репортёрные гены используются исследователями, так как их экспрессия придаёт организму чётко выраженные легко измеряемые характеристики, некоторые, — так как они являются селективными маркерами. Репортёрные гены используют для того, чтобы определить уровень экспрессии гена в клетке...
Подробнее: Репортёрный ген
Аноксигенный фотосинтез (англ. anoxygenic «бескислородный») — вариант фотосинтеза (процесса образования органических веществ на свету), при котором, в отличие от оксигенного фотосинтеза, не происходит образования молекулярного кислорода. Для аноксигенного фотосинтеза требуется наличие во внешней среде восстановленных субстратов, например, сероводорода, серы, тиосульфата, органических соединений или молекулярного водорода. Возможность осуществления аноксигенного фотосинтеза доказана К. ван Нилем...
Поликетидсинтазы (ПКС, англ. Polyketide synthase, КФ 6.4) — ферменты или мультиферментные комплексы, синтезирующие поликетиды (вторичные метаболиты, такие как антибиотики, токсины или статины). Поликетидсинтазы обнаружены у бактерий, грибов, животных и растений и имеют большое сходство с синтазами жирных кислот в организации и механизме биосинтеза. Как правило, гены синтазы определённого поликетида входят в один оперон (у бактерий) или в один кластер (у эукариот).
Подробнее: Поликетидсинтаза
Храповик Мёллера (по имени американского генетика Германа Мёллера и механического устройства — храповика) в эволюционной генетике — процесс необратимого накопления в генофонде популяций, неспособных к половому процессу, вредных мутаций, приводящих к снижению уровня адаптации и вымиранию вида.
Эффект Каутского (так же называемый флуоресценция переходных процессов, индукция флуоресценции хлорофилла а или затухание флуоресценции) — явление изменения свечения хлорофилла, которое возникает при освещении предварительно адаптированного к темноте листа растения. Этот феномен был открыт Х. Каутским и А. Хиршем в 1931 году.
Колимовирусы (лат. Caulimoviridae) — семейство ДНК-содержащих вирусов растений с механизмом обратной транскрипции и двуцепочечной ДНК, то есть вирусов, содержащих стадию обратной транскрипции в своём репликативном цикле.
Иолиомика – исследовательское направление, посвященное изучению ионов в жидкостях или жидких фазах, где основное внимание уделено фундаментальным особенностям ионных взаимодействий. Данное научное направление было впервые сформулировано в публикации российских ученых, посвященной ионным жидкостям. Название представляет собой комбинацию слов IOns (ионы), LIquids (жидкости) и -OMICS (омика). Иолиомика занимается широкой областью исследований структуры, свойств и приложений ионов, входящих в различные...
Фазмиды (от греч. φάγος — пожирающий и англ. plasmid, от греч. πλάσμα — нечто образованное, сформированное) — молекулярные векторы, являющиеся искусственными гибридами между фагом и плазмидой. Фазмиды после встройки чужеродной ДНК могут в одних условиях развиваться как фаги, а в других как плазмиды.
Тельца включения — это нерастворимые белковые агрегаты, образующиеся при суперэкспрессии рекомбинантных белков у бактерий.
Матричная изоляция (англ. matrix isolation) — экспериментальная методика, используемая в химии и физике для предотвращения взаимодействия активных частиц между собой и с окружающей средой путём помещения (погружения) их в инертную матрицу или улавливания их с помощью такой матрицы.
Морски́е бактериофа́ги — вирусы, живущие в морских бактериях, например, цианобактериях. Их существование было определено с использованием методов электронной микроскопии и эпифлуоресцентной микроскопии образцов воды и последующим метагеномным обследованием невыращеваемых образцов вирусов. Хвостатые бактериофаги доминируют в морских сообществах по численности и разнообразию представителей. Однако известно, что вирусы, относящиеся к семействам Corticoviridae, Inoviridae и Microviridae также могут поражать...
Углеродный шовинизм — неологизм, использующийся для пренебрежительного наименования теории универсальности водно-углеродной жизни ввиду исключительных химических и термодинамических свойств углерода, делающих его намного предпочтительнее всех прочих элементов. Автор термина, астрофизик Карл Саган, критикуя эту точку зрения, предположил, что основанием для её выдвижения является лишь то обстоятельство, что её приверженцы сами состоят из углерода и воды и поглощают в процессе метаболизма кислород...
Нерибосомные пептиды — это класс пептидных вторичных метаболитов, которые синтезируют микроорганизмы — бактерии и грибы. Нерибосомные пептиды также найдены у высших организмов, которые имеют бактерий-комменсалов. Существует некоторое количество пептидов, которые образуются не на рибосомах, но нерибосомными пептидами называют очень частную группу таких пептидов.
Световая фаза — этап фотосинтеза, в течение которого за счёт энергии солнца образуются богатые энергией соединения АТФ и молекулы — носители энергии.
Химически индуцированная динамическая поляризация ядер (ХИДПЯ) — неравновесная заселенность ядерных магнитных уровней, возникающая в термических или фотохимических радикальных реакциях и детектируемая спектроскопией ЯМР в виде усиленных сигналов поглощения или испускания. Ядерная намагниченность, детектируемая в продуктах реакций, может превышать равновесную в несколько сотен раз. Аналогичные явления обнаружены также в спектрах ЭПР. Они являются признаком неравновесной поляризации электронов, вызванной...
Литотрофы (от греч. λίθος ς, «камень» и греч. τροφή , «пища») — организмы, для которых донорами электронов, необходимых для процессов биосинтеза (например, фиксации углерода) или запасания энергии (например, синтеза АТФ), через аэробное или анаэробное дыхание, являются неорганические вещества. Противопоставлены органотрофам. Хемолитотрофия обнаружена только среди архей и бактерий. Фотолитотрофами являются многие протисты и высшие растения, чьи пластиды (потомки цианобактерий) используют в качестве...
Структура белков — расположение атомов молекулы белка в трёхмерном пространстве. Белки являются полимерами — полипептидами, последовательностями, составленными из мономеров — различных L-α-аминокислот. Обычно белок, состоящий менее чем из 40 аминокислот, называют пептидом. Для того, чтобы осуществлять свои биологические функции, белки сворачиваются в одну или несколько особых пространственных конфигураций, обусловленных рядом нековалентных взаимодействий, таких, как водородные связи, ионные связи...
Стерический эффект — влияние пространственного объёма молекулы на ход химической реакции. Так, присутствие в молекуле больших групп вблизи от реагирующих атомов может препятствовать сближению этих атомов и замедлить реакцию или сделать её невозможной.
Гетерополимеры (от "гетеро- " — разный, отличный, не такой) — полимеры, молекулы которых состоят из нескольких разных типов мономеров. Этим они отличаются от гомополимеров, в состав которых входит единственный тип мономеров. К гетерополимерам относятся такие природные биополимеры, как белки, нуклеиновые кислоты, пептидогликан, гиалуроновая кислота и другие.
Флуоресцентная наноскопия (англ. fluorescence nanoscopy) — метод детектирования флуоресцентных объектов с помощью оптического микроскопа, обладающий пространственным разрешением, в несколько раз превышающим теоретический предел оптической дифракции (~200 нм).
Титанорганические соединения — соединения, в которых атом титана соединён непосредственно с атомом углерода органических функциональных групп.
Эухроматин , активный хроматин — участки хроматина, сохраняющие деспирализованное состояние элементарных дезоксирибонуклеопротеидных нитей (ДНП) в покоящемся ядре, т. е. в интерфазе (в отличие от других участков, сохраняющих спирализованное состояние — гетерохроматина).
Конфигурация — постоянная геометрия молекулы, которая является результатом пространственного расположения её химических связей и атомов. Способность одного и того же набора атомов образовывать две и более разные молекулы разной конфигурации носит название стереоизомерия. Лекарственные средства одинакового химического состава, но разной конфигурации обладают разными физиологическими активностями, включая фармакологический эффект, токсикологию и метаболизм.
Репликация по типу катящегося кольца (раскручивающегося рулона) (англ. Rolling circle replication) — процесс однонаправленной репликации нуклеиновой кислоты, в ходе которого быстро синтезируются множественные копии кольцевых молекул ДНК или РНК, например, плазмид, геномов бактериофагов и кольцевых РНК вироидов. Некоторые вирусы эукариот также подвергают свой геном репликации по такому механизму.
Нанокапсула (также коллоидосома) (англ. nanocapsule) — наночастица, состоящая из полимерной, липидной или другой оболочки, окружающей её внутреннюю полость или содержимое.
Гистохимия , раздел гистологии, изучающий локализацию различных химических веществ и продуктов их метаболизма в тканях. Некоторые методы окрашивания позволяют выявлять в клетках те или иные химические вещества. Возможно дифференциальное окрашивание жиров, гликогена, нуклеиновых кислот, нуклеопротеинов, определенных ферментов и других химических компонентов клетки. Вклад гистохимии в изучение химического состава тканей постоянно возрастает. Подобраны красители, флуорохромы и ферменты, которые можно...
Основно́й бело́к миели́на (также осно́вный белок миелина, англ. myelin basic protein) — представляет собой основной (порядка 50 %) белковый компонент миелина. При электрофоретическом анализе в ПААГ с SDS экстрактов миелиновой оболочки человека определяется до 10 полос. Основной белок миелина находится в комплексе с липидами и имеет молекулярную массу около 30 кДа.