Двусторонняя атрезия хоан может явиться причиной асфиксии и смерти новорождённого, поскольку у него нет рефлекса открывать рот для дыхания, если отсутствует дыхание через нос.
При операции убирают костные пластинки, закрывающие просвет хоан, раневую поверхность и оголённую кость закрывают лоскутами слизистой оболочки на ножке для предупреждения рецидива атрезии.
В случаях, когда заращение хоан угрожает жизни, необходимо оперировать новорождённого.