Рабочая тетрадь-тренажер по биохимии для студентов специальности «Лечебное дело»

Татьяна Александровна Лобаева, 2023

В учебно-методическом пособии собраны тематические задания различного уровня сложности по 16 темам биохимии, включая ситуационные, расчетные, практико-ориентированные, клинические, фармакологические и другие типы задач и упражнений, характерные для использования в образовательном процессе студентов-медиков.Сборник составлен в формате рабочей тетради-тренажера и полностью соответствует требованиям ФГОС ВПО по направлению подготовки 31.05.01 Лечебное дело. Учебный комплект заданий может быть использован при проведении аудиторных занятий по биохимии, самостоятельной работы студентов, а также для аттестации студентов данной специальности в медицинских ВУЗах. Редактор: Жданов Д.Д. – д.б.н., профессор кафедры биохимии им. академика Берёзова Т.Т. МИ РУДНРецензенты: Чернов Н.Н. – д.б.н., профессор кафедры биохимии им. академика Берёзова Т.Т. МИ РУДНБогословская О.А.. – к.б.н., доцент факультета фундаментальной медицины МГУ им. Ломоносова

Тема 2. Аминокислоты и простые белки. Строение, свойства и биологическая роль

ЧТО НЕОБХОДИМО ЗНАТЬ В ДАННОЙ ТЕМЕ?

Предмет биологической химии. Основные химические компоненты живых систем. Аминокислоты — мономеры белков и пептидов. Протеиногенные аминокислоты. Структура и физико-химические свойства аминокислот. Уравнение Гендерсона-Хассельбаха. Свойства пептидной связи. Непротеиногенные аминокислоты. Биологически активные пептиды. Структурное и функциональное разнообразие белков. Уровни структурной организации белка: первичная, вторичная, третичная и четвертичная. Понятие о доменной структуре белка. Фолдинг белка. Роль шаперонов. Функции убиквитина и протеасом. Посттрансляционная модификация. Связь структуры белков с их функцией. Денатурация белка. Понятие об изоэлектрической точке белка и метод ее определения. Методы изучения белков. Цветные реакции на аминокислоты и белки. Методы определения молекулярной массы и аминокислотного состава белков. Методы изучения пространственной структуры белков. Методы выделения и очистки белков. Биохимические основы нарушений обмена белков: прионные болезни, болезнь Альцгеймера, парапротеинемии, амилоидоз. Конъюгированные (сложные) белки: нуклеопротеины, хромопротеины, фосфопротеины, гликопротеины, липопротеины, металлопротеины. Особенности строения белков соединительной ткани: коллаген и эластин.

ПЕРЕЧЕНЬ ЗАДАНИЙ ДЛЯ ВЫПОЛНЕНИЯ

ЗАДАНИЕ 1

Представлен общий план строения α-аминокислот:

Составьте формулы простейших аминокислот, в которых:

Формула А: R = — H,

Формула Б: R = — CH₃

Пронумеруйте все атомы углерода, начиная от карбоксильной группы. Дайте химические и тривиальные названия полученным соединениям.

В формуле (Б) сдвиньте аминогруппу из альфа-положения в бета-положение. Какие биологические изменения возникнут в связи с изменением структуры аминокислоты? Какова биологическая роль бета-аланина?

Пояснение:

ЗАДАНИЕ 2

Допишите формулу аминокислоты, в которой имеется 4 атома углерода, аминогруппа находится в ɣ-положении. Дайте химическое название полученной аминокислоте и предположите ее биологические свойства.

Решение:

— С — С — С — С —

ЗАДАНИЕ 3

Перед вами химическая формула диаминомонокарбоновой аминокислоты лизин (Лиз, Lys, K):

В представленной формуле пронумеруйте все положения углерода, начиная от карбоксильной группы по систематической номенклатуре, а также обозначьте альфа (α), бета (β) и другие положения. Дайте оценку суммарного заряда лизина при рН =7,0; 2,0 и 13,0. С чем связано изменение заряда личина при изменении рН?

Решение:

ЗАДАНИЕ 4*

(Примечание: если вы встретили задание со звездочкой, то это задание является немного более сложным. Вы можете сделать попытку выполнить его, либо переходите к следующему заданию.)

Аминокислоты являются амфолитами, для которых характерно наличие рКа1 (α-COOH), pКа2 (α-NH₃⁺), рКа3 (по радикалу). Это легко установить методом кислотно-основного титрования (см рис.)

Рис. 1. Кривая кислотно-основного титрования Асп (по оси У — рН среды, по оси Х — эквивалентное количество добавляемой щёлочи).

В зависимости от рН функциональные группы аминокислот могут находиться в протонированной и депротонированной форме. В таблице приведены значения рКа для функциональных групп лизина (Лиз). Составьте формулу Лиз при рН 11,5 (щелочное значение), подпишите протонированные и депротонированные группы.

ЗАДАНИЕ 5

Известно, что изоэлектрическая точка амфотерного соединения есть значение рН среды, при котором его суммарный заряд равен нулю.

Для моноаминомонокарбоновых аминокислот это значение легко можно рассчитать по формуле:

Используя данные справочной таблицы, рассчитайте изоэлектрические точки аминокислот Лей, Вал, Фен. Что можно сказать о направлении движения этих аминокислот в электрическом поле, если изменить значение рН среды до сильнокислого (например, рН = 1,5) и сильно щелочного (например, рН = 13,0)?

Расчеты и пояснение:

ЗАДАНИЕ 6*

Подумайте, как рассчитать изоэлектрическую точку для моноаминодикарбоновых аминокислот Глу и Асп? Приведите свой расчет, дайте пояснение исходя их структуры этих аминокислот. Объясните направление движения этих аминокислот в электрическом поле при рН = 7,0 рН = 2,0 и рН = 12,0

Расчеты и пояснение:

Подумайте, как рассчитать изоэлектрическую точку для таких аминокислот, как Арг, Лиз и Гис? Приведите свой расчет, дайте пояснение исходя их структуры этих аминокислот. Объясните направление движения этих аминокислот в электрическом поле при рН = 7,0 рН = 1,5 и рН = 13,0

Расчеты и пояснения:

ЗАДАНИЕ 7

Как вам известно из биологии, биосинтез белка — это сложный биохимический процесс, происходящий по принципам матричных биосинтезов. Образование пептидной связи между остатками аминокислот происходит на рибосомах. В химическом плане образование пептидной связи является примером реакции поликонденсации:

Соедините в дипептиды следующие любые 1–2 пары аминокислот: Гли-Ала; Фен-Гис; Про-Трп; Лиз-Асн; Глу-Иле

Подумайте, какой суммарный заряд будут иметь данные дипептиды при рН=7,0 (нейтральная среда).

Решение:

ЗАДАНИЕ 8

Известно, что водородная связь — форма взаимодействия между более электроотрицательным атомом (например, N, O) и менее электроотрицательным атомом водорода H. Такие связи легко реализуются между молекулами воды, спиртов, между азотистыми основаниями в составе нуклеиновых кислот, а также в пептидах и белках.

Предположим, что биохимик-исследователь работает со смесью следующих аминокислот:

Фен, Асн, Лей, Ала, Глу, Лиз, Вал. Выберите среди них те аминокислоты, радикалы которых могут участвовать в образовании водородных связей в белках. Поясните свой ответ.

Решение:

ЗАДАНИЕ 9

В учебной лаборатории по биохимии на полке находятся следующие флаконы с органическими веществами:

Выпишите названия веществ, которые дают нижеследующие положительные качественные химические реакции:

А) Нингидриновая реакция: _____________________________________

_____________________________________

Б) Ксантопротеиновая реакция:_____________________________________

_____________________________________

В) Реакция Фоля: _____________________________________

_____________________________________

Г) Биуретовая реакция: _____________________________________

_____________________________________

Д) Реакция с нитратом серебра: _____________________________________

_____________________________________

ЗАДАНИЕ 10

На занятии по биохимии студентам предложили проанализировать состав и свойства вещества под названием «Аспакам». Соединение имеет сладкий вкус и следующую химическую формулу.

Проанализируйте химическую структуру аспаркама, выделите в формуле те фрагменты, которые вам уже известны, подпишите их. Предположите область применения этого вещества.

Пояснение:

ЗАДАНИЕ 11

На занятии по биохимии студентам предложили проанализировать состав и свойства пептида следующего строения:

Асп-Цис-Асн-Глн-Сер-Вал-Лиз-Цис-Гис-Гли-Лиз-Иле-Глу-Лей

Один из студентов предположил, что при взаимодействии между боковыми заместителями аминокислот в структуре пептида произойдет образование дисульфидных мостиков, ионных и гидрофобных связей. Чем подтвердить такое предположение? Выпишите пары аминокислот, между которыми действительно возможны такие взаимодействия.

Решение:

_____________________________________

_____________________________________

ЗАДАНИЕ 12

Дайте характеристику пары аминокислот, выбрав верные утверждения:

ЗАДАНИЕ 13

Дайте характеристику пары пептидов, заполнив колонку с ответами:

ЗАДАНИЕ 14

Допишите формулу тетрапептида, состоящего из протеиногенных аминокислот таким образом, чтобы полученный пептид соответствовал перечисленным характеристикам:

А. Тетрапептид заряжен положительно при нейтральном значении рН.

Б. Тетрапептид содержит ароматическую аминокислоту без гидроксильной группы.

В. Тетрапептид содержит аминокислоту, содержащую гуанидиновый фрагмент

Г. Тетрапептид содержит серосодержащую аминокислоту, которая дает положительную реакцию Фоля.

ЗАДАНИЕ 15 *

15.1. Составьте структурную формулу пентапептида следующего строения:

Цис-Арг-Фен-Глу-Трп

а) Обозначьте N — и С-концы пептида

б) Отметьте регулярно повторяющиеся фрагменты пептида (пептидные связи) и боковые заместители (радикалы) остатков аминокислот.

в) Какие из цветных реакций будут положительны с данным пептидом?

г) Определите суммарный заряд пептида при следующих условиях:

Z=? pH=7,0; Z=? pH=1,0; Z=? pH=12,0

Пояснение:

15.2 В медицине для профилактики и лечения заболеваний суставов используется запатентованный препарат, представляющий собой смесь химически модифицированных пептидов

Ala-Glu-Asp, Lys-Glu-Asp и Lys-Glu.

Данный препарат нормализует морфоструктуры суставных тканей, в том числе цитоархитектоники хрящевой ткани с уменьшением количества хондроцитов, подверженных апоптозу, особенно на конечных его стадиях. Составьте формулы указанных трипептидов. Рассчитайте их суммарный заряд при pH=7,0.

Пояснение:

15.3. В медицине в качестве противовоспалительного и анальгетического средства используется запатентованный препарат, представляющий собой химически модифицированный трипептид: Tyr-Pro-Ser. Составьте формулу указанного трипептида. Рассчитайте его суммарный заряд при pH=7,0; pH=2,0.; pH=12,0.

Пояснение:

ЗАДАНИЕ 16*

На формуле пептидов выделите боковые заместители (радикалы) отдельных аминокислот, формирующих пептид, обозначьте N — и С-концы. Обведите маркером пептидные связи. Назовите пептид с учетом того, что аминокислотные остатки пелечисляются от N-конца. Определите суммарные заряды данных пептидов при рН = 7,0 рН = 2,0 и рН = 12,0 и укажите направление их движения в электрическом поле (к катоду, к аноду, без движения).

ЗАДАНИЕ 17*

В биохимическую лабораторию направлена смесь из двух пептидов. У исследователей имеется все необходимое оборудование и реактивы для проведения качественного и количественного анализа веществ и их смесей. Установлено, что в составе анализируемой смеси есть пептид, который состоит из β-Ала и Гис, а также пептид, который имеет в составе Глу, Цис и Гли. Было сделано предположение о том, что пептиды, представленные на анализ, являются карнозином и глутатионом.

Составьте формулы предполагаемых пептидов. В чем особенность включения Глу в состав глутатиона? Предположите, какими методами анализа воспользовались биохимики при разделении смеси этих веществ и какие качественные химические реакции на отдельные аминокислоты в составе пептидов они провели. Дайте обоснование.

Решение:

ЗАДАНИЕ 18 *

В таблице представлены характеристики некоторых белков. Используя эти данные предположите методы разделения и анализа трех белков, находящихся в одной смеси:

лизоцим, гамма-глобулин и пепсин. Составьте план разделения. Дайте соответствующие пояснения.

Решение:

1. Особенности структуры и физико-химических свойств представленных в таблице соединений

2. Выбранные методы анализа

3. Обоснование метода

4. Опишите биологические свойства белков под номерами 2, 4, 7, 9, 11

ЗАДАНИЕ 19*

В таблице представлены характеристики некоторых белков. Используя эти данные предположите методы разделения и анализа трех белков-ферментов, находящихся в одной смеси: рибонуклеаза, лизоцим и ксантиноксидаза. Составьте план разделения. Дайте соответствующие пояснения.

Решение:

1. Особенности структуры и физико-химических свойств представленных в таблице соединений

2. Выбранные методы анализа

3. Обоснование метода

4. Опишите биологические свойства белков по номерами 1 и 3

ЗАДАНИЕ 20*

В таблице представлен аминокислотный состав некоторых белков. Используя эти данные предположите методы разделения и анализа трех белков, находящихся в одной смеси:

пепсин, альбумин, гистон. Составьте план разделения. Дайте соответствующие пояснения.

1. Особенности структуры и физико-химических свойств представленных в таблице соединений

2. Выбранные методы анализа

3. Обоснование метода

4. Опишите биологические свойства белков по номерами 1 и 3