Гем а

Гем а — вид гема, координационный комплекс макроциклического лиганда порфирина и атома железа.

Связанные понятия

Протеородопсин — фотоактивный ретиналь-содержащий белок, обнаруженный у морских планктонных бактерий, архей и динофлагеллят. Как и его гомолог — бактериородопсин, открытый у архей, это трансмембранный белок, ковалентно связанный с ретиналем. Он действует как светозависимый протонный насос. Некоторые члены этого семейства (более 800 белков), как полагают, выполняют сенсорные функции. Представители этого семейства различаются по спектрам поглощения.

Фумаратредуктаза — фермент, катализирующий реакцию превращения фумарата в сукцинат. Является важным ферментом для метаболизма микроорганизмов, поскольку участвует в процессе анаэробного дыхания.

Нитратредуктаза — один из ключевых ферментов азотного обмена. Его функция заключается в восстановлении нитрат-иона до нитрит-иона. Сам белок состоит из нескольких доменов: первый — ФАД-содержащий домен предназначен для принятия электронов и их дальнейшего переноса на цитохром b557, с которого они в свою очередь попадают на молибдоптерин (молибден-содержащий кофермент). При этом атом молибдена меняет свою степень окисления с +6 на +4, а затем, снова окисляясь, он отдаёт два электрона нитрат-иону...

Сложные тиоэфиры — органические соединения, содержащие функциональную группу C-S-CO-C и являющиеся сложными эфирами тиолов и карбоновых кислот. Сложные тиоэфиры играют важную роль в биохимических процессах, наиболее известный представитель этого класса — ацетил-CoA.

Акридин — простейший представитель дибензпиридинов. Содержится в каменноугольной смоле.

Тетрапирролы — класс химических соединений, молекулы которых состоят из четырёх пирролльных колец, связанных вместе напрямую или через одноуглеродные мостики (=(CH)- или -CH2-), образуя циклическую или линейную структуру. В циклических тетрапирролах неподелённая электронная пара на атоме азота, направленая в центр макроциклического кольца, может образовывать ковалентные или координационные связи с ионами таких металлов как железо,кобальт, или магний.

Радикал в химии - это атом или молекула, имеющая один или несколько неспаренных электронов (или, иногда говорят "свободные валентности"). Данный термин используется как в органической, так и в неорганической химии.

Протопорфирины откладываются в скорлупе яиц некоторых птиц в виде коричневого или красного пигмента, а также землистого цвета или в виде пятен. Обычно это характерно для большинства воробьиных, некоторых не воробьиных, насиживающих яйца на земле, как кулики, чайки, козодои и рябки (выполняет роль камуфляжа), а также некоторых паразитических кукушек, яйца которых должны совпадать по цвету с яйцами в гнезде хозяина.

Фотосистема представляет собой функциональную и структурную единицу белковых комплексов, которые осуществляют первичные фотохимические реакции фотосинтеза: поглощение света, преобразование энергии и перенос электронов. Фотосистемы находятся в тилакоидной мембраны растений, водорослей и цианобактерий (в растениях и водорослях они расположены в хлоропластах), либо в цитоплазматической мембране фотосинтезирующих бактерий. В общем случае все фотосистемы подразделяют на два типа — подобные фотосистеме...

А́льфа-окисле́ние (α-окисление, англ. alpha oxidation) — один из механизмов деградации жирных кислот (наряду с β-окислением и ω-окислением). Используется для расщепления разветвлённых жирных кислот, имеющих метильную группу при β-атоме углерода, поскольку обычное β-окисление в этом случае невозможно. Происходит, как у животных, так и у растений, только в пероксисомах.

Пермеазы (permease)— ферментоподобные белки , участвующие в транспорте метаболитов, находятся в периплазме клетки. Эти белки участвуют в облегчённой диффузии веществ в клетку . Этим путём в клетку поступает ограниченное количество соединений.

Гликали — производные циклических форм непредельных углеводов, у которых в образовании двойной связи принимает участие гликозидный атом углерода (С2). Гликали являются частным случаем еноз. Не содержат никаких заместителей при C2, хотя существуют производные 2-оксигликалей, т.н. 1,2-гликозеенов, в молекуле которых ацильный заместитель содержится также и возле второго углеродного атома.

ДНК-аддукт — соединение какой-либо молекулы с ДНК. Бывают малые и объёмные. Образование ДНК-аддуктов в организме часто происходит под действием канцерогенов, их метаболитов, либо провоцируется канцерогенами, и ведёт к изменению структуры, невозможности правильного протекания процессов транскрипции ДНК и мутациям.

Титанорганические соединения — соединения, в которых атом титана соединён непосредственно с атомом углерода органических функциональных групп.

Димеризация — процесс образования нового вещества путём соединения двух структурных элементов (молекул, в том числе белков, или частиц) в комплекс (димер), стабилизируемый слабыми и/или ковалентными связями. Когда оба структурных элемента имеют одинаковый химический состав — говорят об образовании симметричных димеров; в случае, когда два структурных элемента имеют разный химический состав — говорят об образовании несимметричных димеров. Димеризация, в результате которой образуются циклические димеры...

Флавопротеины — хромопротеины, содержащие простетические группы, представленные изоаллоксазиновыми производными — окисленными флавинмононуклеотидом (ФМН) и флавинадениндинуклеотидом ФАД. Флавопротеины входят в состав оксидоредуктаз — ферментов, катализирующих окислительно-восстановительные реакции в клетке. Некоторые флавопротеины содержат ионы металлов. Типичными представителями флавопротеинов, содержащих также негемовое железо, являются ксантин-оксидаза, альдегидоксидаза, дигидрооротатдегидрогеназа...

Поликетидсинтазы (ПКС, англ. Polyketide synthase, КФ 6.4) — ферменты или мультиферментные комплексы, синтезирующие поликетиды (вторичные метаболиты, такие как антибиотики, токсины или статины). Поликетидсинтазы обнаружены у бактерий, грибов, животных и растений и имеют большое сходство с синтазами жирных кислот в организации и механизме биосинтеза. Как правило, гены синтазы определённого поликетида входят в один оперон (у бактерий) или в один кластер (у эукариот).

Подробнее: Поликетидсинтаза

Пептидо-нуклеиновые кислоты (ПНК, англ. PNA, Peptide nucleic acid) — это химические вещества, похожие на РНК или ДНК. В настоящее время ПНК не обнаружены в составе живых организмов и получаются путём химического синтеза для использования в некоторых биологических экспериментах и медицине.

Пренилирование (или изопренилирование, или липидирование) — биохимический процесс присоединения гидрофобных молекул к белку или другому химическому веществу. Обычно считается, что пренильные группы (3-метилбут-2-ен-1-ил) облегчают присоединение молекул к клеточным мембранам, также как, «липидные якорные белки» (англ.), такие как, например, гликозилфосфатидилинозитол, хотя прямое доказательство этого пока не найдено. Доказано, что пренильные группы являются важным элементом для протеин-протеиновой...

Основно́й бело́к миели́на (также осно́вный белок миелина, англ. myelin basic protein) — представляет собой основной (порядка 50 %) белковый компонент миелина. При электрофоретическом анализе в ПААГ с SDS экстрактов миелиновой оболочки человека определяется до 10 полос. Основной белок миелина находится в комплексе с липидами и имеет молекулярную массу около 30 кДа.

Нерибосомные пептиды — это класс пептидных вторичных метаболитов, которые синтезируют микроорганизмы — бактерии и грибы. Нерибосомные пептиды также найдены у высших организмов, которые имеют бактерий-комменсалов. Существует некоторое количество пептидов, которые образуются не на рибосомах, но нерибосомными пептидами называют очень частную группу таких пептидов.

Структура белков — расположение атомов молекулы белка в трёхмерном пространстве. Белки являются полимерами — полипептидами, последовательностями, составленными из мономеров — различных L-α-аминокислот. Обычно белок, состоящий менее чем из 40 аминокислот, называют пептидом. Для того, чтобы осуществлять свои биологические функции, белки сворачиваются в одну или несколько особых пространственных конфигураций, обусловленных рядом нековалентных взаимодействий, таких, как водородные связи, ионные связи...

Уходящая группа — атом либо группа (как заряженная, так и нейтральная), отщепляющиеся в ходе химической реакции от атома, входящего в состав реагирующего субстрата.

Омега-окисле́ние (ω-окисление, англ. omega oxidation) — один из механизмов деградации жирных кислот (наряду с β-окислением и альфа-окислением). Этот путь имеется у растений и некоторых животных (например, позвоночных) и заключается в окислении жирных кислот с ω-атома углерода (то есть самого последнего атома в углеводородной жирнокислотной цепи). Ферменты этого пути у позвоночных локализованы в эндоплазматическом ретикулуме (ЭПР) клеток печени и почек (в отличие от ферментов β-окисления, находящихся...

Метилглиокса́левый шунт — метаболический путь, встречающийся у некоторых бактерий и представляющий собой отличный от гликолитических реакций путь окисления дигидроксиацетонфосфата до пирувата.

Липоксигеназы (англ. Lipoxygenases) — железо-содержащие ферменты, катализирующие реакцию диоксигенации (присоединение двух атомов кислорода) к полиненасыщенным жирным кислотам. Различные типы липоксигеназ найдены в растениях, животных и грибах. Они вовлечены в различные клеточные функции.

Метилглиоксаль (пирувальдегид, 2-оксопропаналь) — альдегид пировиноградной кислоты, является одновременно альдегидом и кетоном.

Карбодиими́ды — органические соединения с общей формулой RN=C=NR'. Наиболее изученным представителем является циклогексилкарбодиимид.

Флавинмононуклеотид (сокр. ФМН, также рибофлавин-5'-фосфат; англ. Flavin mononucleotide — FMN) — органическое соединение, которое образуется из рибофлавина (витамина В2) ферментом рибофлавин киназой и является простетической группой различных оксидоредуктаз, включая NADH-дегидрогеназы. FMN в биохимических процессах находится в трёх формах — окисленной (FMN), полухинон (FMNH·) и восстановленной (FMNH2). FMN является более сильным окислителем, чем NAD, и частично более полезным, так как может принимать...

Енамины (виниламины) — алкениламины, соединения общей формулы R2NCR=CR2 в которых присутствует аминогруппа, расположенная у двойной углерод-углеродной связи. Енамины образуются при взаимодействии альдегидов или кетонов с вторичными аминами.

Аффинная хроматография — разновидность лигандной хроматографии. В основе последней лежит реакция взаимодействия разделяемых примесей с лигандом, связанным с инертным носителем. В случае аффинной хроматографии в роли примесей выступают биологически активные вещества (белки, ферменты), вступающие с лигандом (тоже, как правило, органическим) в специфическое биохимическое взаимодействие. Например: антитело-антиген, гормон-рецептор и т. д. Именно высокая специфичность подобного взаимодействия обусловливает...

Нуклеозидтрифосфаты (Nucleoside triphosphate, NTP) — это нуклеозиды с тремя фосфатами. Природные нуклеозидтрифосфаты представлены аденозинтрифосфатом (ATP), гуанозинтрифосфатом (GTP), цитидинтрифосфатом (CTP), тимидинтрифосфатом (TTP) и уридинтрифосфатом (UTP). Данные термины означают, что нуклеотиды содержат сахар рибозу.

Хромопротеиды (от греч. chroma — краска) — сложные белки, состоящие из простого белка и связанного с ним окрашенного небелкового компонента — простетической группы. Различают гемопротеины (содержат в качестве простетической группы гем), магнийпорфирины и флавопротеины (содержат производные изоаллоксазина). Хромопротеиды участвуют в таких процессах жизнедеятельности, как фотосинтез, клеточное дыхание и дыхание всего организма, транспорт кислорода и углекислого газа, окислительно-восстановительные...

Подробнее: Хромопротеины

Гидросульфиты, бисульфиты — кислые соли сернистой кислоты H2SO3, например гидросульфит калия KHSO3.

Нуклеопла́зма, или кариопла́зма, или ядерный сок, — один из типов протоплазмы, содержащийся в клеточном ядре и ограниченный ядерной мембраной. Нуклеоплазма представляет собой очень вязкую жидкость (коллоидный раствор белков), окружающую хроматин и ядрышко. В нуклеоплазме растворены многие вещества, например, нуклеотиды, необходимые для репликации ДНК, и ферменты, осуществляющие различные ядерные процессы (например, репликацию и репарацию ДНК, а также транскрипцию).

Поляризация химической связи — асимметрия (смещение) электронной плотности, связывающей молекулярной орбитали ковалентной связи.

Антикодон - участок транспортной РНК (тРНК), состоящий из трех нуклеотидов. Специфически связывается с кодоном (тройкой нуклеотидов) матричной РНК, что обеспечивает правильную расстановку каждой аминокислоты в полипептидной цепи при биосинтезе белка (трансляции).

Циклические соединения — химические соединения, в которых присутствует три или более связанных атомов, образующие кольцо. Соединение, кольцо которого включает 9 и более атомов, называется макроциклическим.

Аноксигенный фотосинтез (англ. anoxygenic «бескислородный») — вариант фотосинтеза (процесса образования органических веществ на свету), при котором, в отличие от оксигенного фотосинтеза, не происходит образования молекулярного кислорода. Для аноксигенного фотосинтеза требуется наличие во внешней среде восстановленных субстратов, например, сероводорода, серы, тиосульфата, органических соединений или молекулярного водорода. Возможность осуществления аноксигенного фотосинтеза доказана К. ван Нилем...

Диокси́д триуглеро́да (1,3-диоксопропадиен, недоксид углерода, недокись углерода, трикарбодиоксид) С3О2 — бесцветный ядовитый газ (при нормальных условиях) с резким, удушливым запахом, легко полимеризующийся в обычных условиях с образованием продукта, нерастворимого в воде, жёлтого, красного или фиолетового цвета.

Металлоцены — органические соединения, образованные переходным металлом и циклопентадиеном.

Альдо́новые кисло́ты — полигидроксикарбоновые кислоты общей формулы HOCH2nCOOH, формально являющиеся продуктами окисления альдегидной группы альдоз. Простейшей альдоновой кислотой является глицериновая кислота.

Смола Ванга (англ. Wang resin) — твердофазный носитель, предназначенный для синтеза пептидов и небольших молекул. Представляет собой полистирольные шарики диаметром 0,1 мм со степенью сшивки 1 % и загрузкой примерно 1 ммоль/г. Характерной особенностью данного носителя является то, что он содержит гидроксиметилфеноксильный линкер (более удобную замену хлорметильному линкеру в смоле Меррифилда), что позволяет по окончании синтеза отщеплять продукты от носителя в более мягких условиях. Например, в синтезе...

Лиа́зы (КФ4) — отдельный класс ферментов, катализирующих реакции негидролитического и неокислительного разрыва различных химических связей (C—C, C—O, C—N, C—S и других) субстрата, обратимые реакции образования и разрыва двойных связей, сопровождающиеся отщеплением или присоединением групп атомов по её месту, а также образованием циклических структур.

Мезосо́мы (англ. mesosome) — складки цитоплазматической мембраны бактерий, образующиеся при использовании химических методов фиксации во время подготовки образцов к электронной микроскопии. Хотя в 1960-е годы предполагалось естественное происхождение этих структур, они были признаны артефактами к концу 1970-х годов и в настоящее время большинством исследователей не считаются частью нормальной структуры бактериальных клеток.

β-цилиндр - разновидность третичной структуры белков; β-складчатый слой, свернутый с образованием замкнутой структуры, в которой первая цепь водородными связями связана с последней. Как правило, β-цепи в β-цилиндрах расположены в антипараллельной ориентации. Чаще всего β-цилиндры формируют такие белки, как порины и другие пронизывающие мембраны белки, и белки, связывающие внутри цилиндра гидрофобные лиганды, такие как липокалины.

Подробнее: Бета-цилиндр

Магнитосо́ма (англ. Magnetosome) — органелла бактериальной клетки, представляющая собой окружённый мембраной цельный кристалл химически чистого магнетита (Fe3O4) или грейгита (Fe3S4). Бактерии, обладающие магнитосомами, способны к магнитотаксису — движению, связанному с реакцией клетки на магнитное поле (их называют магнитотактическими бактериями).

Амидины (карбоксамидины) — азотистые производные карбоновых кислот общей формулы R1C(=NR2)NR3R4.

Енолаза (англ. Enolase), также фосфопируватгидратаза — фермент, участвующий в предпоследнем этапе гликолиза. Енолаза катализирует переход 2-фосфо-D-глицериновой кислоты в фосфоенолпируват. При этом от 2-фосфо-D-глицерата отщепляется одна молекула воды.

Хатимодзи-ДНК (англ. Hachimoji DNA; от яп. 八 «hachi» — восемь и 文字 «moji» — буква) — дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) с восемью нуклеотидами, четыре из которых являются естественными и четыре — искусственно синтезированными. Впервые информация о синтезе хатимодзи-ДНК появилась в феврале 2019 года. Открытие этого типа ДНК стало возможным в результате научных исследований Фонда прикладной молекулярной эволюции США, финансируемым НАСА. По строению и свойствам хатимодзи-ДНК подобна природной ДНК...

а б в г д е ё ж з и й к л м н о п р с т у ф х ц ч ш щ э ю я