Связанные понятия
Эндопептидазы (эндопротеиназы) — протеолитические ферменты (пепсин, трипсин, химотрипсин), расщепляющие пептидные связи внутри пептидной цепи. С наибольшей скоростью ими гидролизуются связи, образованные определёнными аминокислотами.
Проферменты , или проэнзимы, зимогены, энзимогены — функционально неактивные предшественники ферментов, подвергающиеся тем или иным преобразованиям (обычно расщеплению специфическими эндо- или экзопептидазами или гидролизу), в результате чего образуется каталитически активный продукт — фермент. Относятся к группе протеиназ (сериновые, тиоловые, кислые). Синтез зимогенов осуществляется на рибосомах эндоплазматического ретикулума особыми секреторными клетками в виде зимогенных гранул, которые после...
Метилглиокса́левый шунт — метаболический путь, встречающийся у некоторых бактерий и представляющий собой отличный от гликолитических реакций путь окисления дигидроксиацетонфосфата до пирувата.
Ацилтрансфераза (подкласс КФ 2.3) — фермент, тип трансферазы, переносящей ацильную группу на молекулу субстрата.
Фосфоглюкомутаза — фермент-переносчик фосфатной группы в мономере глюкозы с позиции 1' на 6' или в обратном направлении. Играет важную роль в углеводном обмене. Этот фермент катализирует реакцию взаимодействия глюкозо-1-фосфата и глюкозо-6-фосфата в процессе образования глюкозы из гликогена.
Фумаратредуктаза — фермент, катализирующий реакцию превращения фумарата в сукцинат. Является важным ферментом для метаболизма микроорганизмов, поскольку участвует в процессе анаэробного дыхания.
Пермеазы (permease)— ферментоподобные белки , участвующие в транспорте метаболитов, находятся в периплазме клетки. Эти белки участвуют в облегчённой диффузии веществ в клетку . Этим путём в клетку поступает ограниченное количество соединений.
Метилглиоксаль (пирувальдегид, 2-оксопропаналь) — альдегид пировиноградной кислоты, является одновременно альдегидом и кетоном.
Лиа́зы (КФ4) — отдельный класс ферментов, катализирующих реакции негидролитического и неокислительного разрыва различных химических связей (C—C, C—O, C—N, C—S и других) субстрата, обратимые реакции образования и разрыва двойных связей, сопровождающиеся отщеплением или присоединением групп атомов по её месту, а также образованием циклических структур.
Флавопротеины — хромопротеины, содержащие простетические группы, представленные изоаллоксазиновыми производными — окисленными флавинмононуклеотидом (ФМН) и флавинадениндинуклеотидом ФАД. Флавопротеины входят в состав оксидоредуктаз — ферментов, катализирующих окислительно-восстановительные реакции в клетке. Некоторые флавопротеины содержат ионы металлов. Типичными представителями флавопротеинов, содержащих также негемовое железо, являются ксантин-оксидаза, альдегидоксидаза, дигидрооротатдегидрогеназа...
Поликетидсинтазы (ПКС, англ. Polyketide synthase, КФ 6.4) — ферменты или мультиферментные комплексы, синтезирующие поликетиды (вторичные метаболиты, такие как антибиотики, токсины или статины). Поликетидсинтазы обнаружены у бактерий, грибов, животных и растений и имеют большое сходство с синтазами жирных кислот в организации и механизме биосинтеза. Как правило, гены синтазы определённого поликетида входят в один оперон (у бактерий) или в один кластер (у эукариот).
Подробнее: Поликетидсинтаза
Cdk-активи́рующая кина́за (англ. Cdk-activating kinase, CAK) — фермент подкласса протеинкиназ, активирующий циклин-зависимую киназу (Cdk) путём фосфорилирования аминокислотного остатка треонина в каталитической области циклин-зависимой киназы. Одной из основных функций CAK-киназы является участие в активации Cdk, и, как следствие, участие в регуляции клеточного цикла. Ещё одна значимая функция CAK-киназы — участие в генной транскрипции.
Антимицины — группа вторичных метаболитов, синтезируемых бактериями рода Streptomyces.
Подробнее: Антимицин A
Тахикинины — одна из крупнейших групп нейропептидов. В неё входят пептиды, имеющие сходную C-концевую последовательность Phe-X-Gly-Leu-Met-NH2, где под X обозначена алифатическая или ароматическая аминокислота.
Дегидрогеназы (отрицание де… + лат. hydrogenium — водород) — группа ферментов из класса оксидоредуктаз, катализирующих перенос протонов от субстрата (органических веществ) и пары электронов — к акцептору.
Подробнее: Дегидрогеназа
Серпин ы (англ. Serpins, сокращение от англ. serine protease inhibitors, «ингибиторы сериновых протеаз») — группа белков, которые имеют определённое структурное сходство между собой и многие из которых ингибируют сериновые протеазы, то есть протеазы, имеющие серин в активном центре.
Циклическая АДФ-рибоза (англ. Cyclic ADP Ribose, cADPR) — это циклический адениновый нуклеотид (как cAMP) с двумя фосфатными группами на 5' гидроксильной группе аденозина (как ADP), соединенный с другой молекулой рибозы по 5' положению. Это в свою очередь приводит к замыканию кольца, при этом образуется гликозидная связь с первым атомом азота в того же аденозина, который девятым атомом присоединен гликозидной связью к другой рибозе (см. рисунок). cADPR образуется из никотинамидадениндинуклеотида...
Разобщающие белки — белки внутренней мембраны митохондрий, которые пропускают через себя протоны без синтеза АТФ, с преобразованием энергии протонного градиента в тепло. Процесс генерации тепла напрямую конкурирует с окислительным фосфорилированием.
Фа́кторы инициа́ции (от англ. initiation factors) — белки, которые обеспечивают инициацию трансляции — синтеза полипептидной цепи. Факторы инициации трансляции присоединяются к малой субъединице рибосомы. У бактерий эти белки обозначаются IF, у эукариот — eIF.
Липоксигеназы (англ. Lipoxygenases) — железо-содержащие ферменты, катализирующие реакцию диоксигенации (присоединение двух атомов кислорода) к полиненасыщенным жирным кислотам. Различные типы липоксигеназ найдены в растениях, животных и грибах. Они вовлечены в различные клеточные функции.
Циклинзависимые киназы (англ. cyclin-dependent kinases, CDK) — группа белков, регулируемых циклином и циклиноподобными молекулами. Большинство циклинзависимых киназ участвуют в смене фаз клеточного цикла; также они регулируют транскрипцию и процессинг мРНК.
Подробнее: Циклинзависимая киназа
Не следует путать с гликанами.Глюкан представляет собой молекулу полисахарида из мономеров D-глюкозы (в отличие от гликанов, где мономером может являться не только D-глюкоза), связанных гликозидными связями.
Подробнее: Глюканы
Арабино́зный оперо́н (англ. arabinose operon) — бактериальный оперон, кодирующий белки, необходимые для метаболизма арабинозы. Он подчиняется как позитивному, так и негативному контролю: экспрессию оперона стимулирует субстрат, то есть арабиноза, но при наличии глюкозы в среде его экспрессия подавлена. В состав арабинозного оперона входит три структурных гена: araB, araA и araD, а также регуляторный ген araC, сцеплённый со структурными генами, и регуляторные участки. Арабинозный оперон был открыт...
Синаптобревин (англ. synaptobrevin) — небольшой трансмембранный белок секреторных везикул; компонент белкового комплекса SNARE, осуществляющего конечные стадии экзоцитоза нейромедиаторов в синапс. Синаптобревин относится к семейству везикуло-ассоциированных мембранных белков (англ. vesicle associated membrane protein, VAMP).
Нуклеозидтрифосфат ы (Nucleoside triphosphate, NTP) — это нуклеозиды с тремя фосфатами. Природные нуклеозидтрифосфаты представлены аденозинтрифосфатом (ATP), гуанозинтрифосфатом (GTP), цитидинтрифосфатом (CTP), тимидинтрифосфатом (TTP) и уридинтрифосфатом (UTP). Данные термины означают, что нуклеотиды содержат сахар рибозу.
Галактозный оперон — прокариотической оперон, кодирующий ферменты, необходимые для метаболизма галактозы. Оперон содержит два оператора, OE и OI. Первый расположен непосредственно перед промотором, а второй после гена GalE (первого гена в опероне).
Пренилирование (или изопренилирование, или липидирование) — биохимический процесс присоединения гидрофобных молекул к белку или другому химическому веществу. Обычно считается, что пренильные группы (3-метилбут-2-ен-1-ил) облегчают присоединение молекул к клеточным мембранам, также как, «липидные якорные белки» (англ.), такие как, например, гликозилфосфатидилинозитол, хотя прямое доказательство этого пока не найдено. Доказано, что пренильные группы являются важным элементом для протеин-протеиновой...
Нитратредуктаза — один из ключевых ферментов азотного обмена. Его функция заключается в восстановлении нитрат-иона до нитрит-иона. Сам белок состоит из нескольких доменов: первый — ФАД-содержащий домен предназначен для принятия электронов и их дальнейшего переноса на цитохром b557, с которого они в свою очередь попадают на молибдоптерин (молибден-содержащий кофермент). При этом атом молибдена меняет свою степень окисления с +6 на +4, а затем, снова окисляясь, он отдаёт два электрона нитрат-иону...
Сложные тиоэфиры — органические соединения, содержащие функциональную группу C-S-CO-C и являющиеся сложными эфирами тиолов и карбоновых кислот. Сложные тиоэфиры играют важную роль в биохимических процессах, наиболее известный представитель этого класса — ацетил-CoA.
Аннексин A1 (annexin A1, ANXA1, липокортин-1) — белок, кодируемый у человека геном ANXA1, связывающий ионы кальция и фосфолипиды. Состоит из 346 аминокислот. Относится к семейству аннексинов, синтезируется в иммунных клетках под воздействием глюкокортикоидов.
Флавинмононуклеотид (сокр. ФМН, также рибофлавин-5'-фосфат; англ. Flavin mononucleotide — FMN) — органическое соединение, которое образуется из рибофлавина (витамина В2) ферментом рибофлавин киназой и является простетической группой различных оксидоредуктаз, включая NADH-дегидрогеназы. FMN в биохимических процессах находится в трёх формах — окисленной (FMN), полухинон (FMNH·) и восстановленной (FMNH2). FMN является более сильным окислителем, чем NAD, и частично более полезным, так как может принимать...
Печёночная липаза (печёночная триглицеридная липаза, триглицеридная липаза, ПЛ; англ. hepatic lipase, hepatic triglyceride lipase) ), (КФ 3.1.1.3) — один из ферментов липидного метаболизма. Эта липаза по ферментативному действию похожа на панкреатическую липазу. Однако, в отличие от панкреатической липазы, печёночная липаза синтезируется в печени и секретируется в кровь. Печёночная липаза после секреции связывается со стенкой сосуда (почти исключительно в печени) и расщепляет липиды липопротеинов...
Антикодон - участок транспортной РНК (тРНК), состоящий из трех нуклеотидов. Специфически связывается с кодоном (тройкой нуклеотидов) матричной РНК, что обеспечивает правильную расстановку каждой аминокислоты в полипептидной цепи при биосинтезе белка (трансляции).
Нерибосомные пептиды — это класс пептидных вторичных метаболитов, которые синтезируют микроорганизмы — бактерии и грибы. Нерибосомные пептиды также найдены у высших организмов, которые имеют бактерий-комменсалов. Существует некоторое количество пептидов, которые образуются не на рибосомах, но нерибосомными пептидами называют очень частную группу таких пептидов.
Тельца Вайбеля — Паладе — особые везикулы в клетках эндотелия сосудов которые содержат фактор фон Виллебранда и P-селектин и секретируют их в случае активации эндотелия при повреждении ткани. Могут быть сферической, овальной или продолговатой формы.
Спектрин — это белок цитоскелета, который выстилает внутреннюю сторону плазматической мембраны многих типов клеток. Спектрин формирует длинные молекулы структурной сетки и играет важную роль в поддержании целостности клеточной мембраны и структуры цитоскелета. Как показала криоэлектронная томография, формируемая с участием спектрина сетка имеет гетерогенную структуру, которая меняется при растяжении клеточной мембраны.В определенных случаях черепно-мозговых травм, таких как диффузное аксональное...
Тропомиозин — фибриллярный белок (70 кДа), состоящий из двух перевитых α-спиралей. Тропомиозин связывается в единый комплекс с F-актином в области изгиба молекулы, обеспечивая его стабильность. По длине тропомиозин равен 7 субъединицам G-актина, при этом контактирует только с одной из нитевидных структур F-актина. Кроме этого, тропомиозин совместно с тропонином участвует в регуляции взаимодействия актина с миозином.
Протеородопсин — фотоактивный ретиналь-содержащий белок, обнаруженный у морских планктонных бактерий, архей и динофлагеллят. Как и его гомолог — бактериородопсин, открытый у архей, это трансмембранный белок, ковалентно связанный с ретиналем. Он действует как светозависимый протонный насос. Некоторые члены этого семейства (более 800 белков), как полагают, выполняют сенсорные функции. Представители этого семейства различаются по спектрам поглощения.
Тетрапирролы — класс химических соединений, молекулы которых состоят из четырёх пирролльных колец, связанных вместе напрямую или через одноуглеродные мостики (=(CH)- или -CH2-), образуя циклическую или линейную структуру. В циклических тетрапирролах неподелённая электронная пара на атоме азота, направленая в центр макроциклического кольца, может образовывать ковалентные или координационные связи с ионами таких металлов как железо,кобальт, или магний.
Структура белков — расположение атомов молекулы белка в трёхмерном пространстве. Белки являются полимерами — полипептидами, последовательностями, составленными из мономеров — различных L-α-аминокислот. Обычно белок, состоящий менее чем из 40 аминокислот, называют пептидом. Для того, чтобы осуществлять свои биологические функции, белки сворачиваются в одну или несколько особых пространственных конфигураций, обусловленных рядом нековалентных взаимодействий, таких, как водородные связи, ионные связи...
Нуклеопла́зма , или кариопла́зма, или ядерный сок, — один из типов протоплазмы, содержащийся в клеточном ядре и ограниченный ядерной мембраной. Нуклеоплазма представляет собой очень вязкую жидкость (коллоидный раствор белков), окружающую хроматин и ядрышко. В нуклеоплазме растворены многие вещества, например, нуклеотиды, необходимые для репликации ДНК, и ферменты, осуществляющие различные ядерные процессы (например, репликацию и репарацию ДНК, а также транскрипцию).
Гуанозинмонофосфат , GMP, ГМФ, 5'-гуанидиловая кислота — нуклеотид, входящий в состав РНК. Это эфир фосфорной кислоты и гуанозинового нуклеозида. GMP состоит из фосфатной группы, сахара рибозы и азотистого основания гуанина.
Кулли́ны (англ. cullins) — семейство гидрофобных белков, служащих скэффолдом для убиквитинлигаз (E3). Все эукариоты, как представляется, имеют куллины. Они в сочетании с RING-белками образуют куллин-RING убиквитинлигазы (CRL), которые весьма разнообразны и играют роль во многих клеточных процессах, например, протеолизе (они разрушают около 20 % клеточных белков), эпигенетической регуляции, работе иммунитета растений, опосредованного салициловой кислотой.
Креатинфосфорная кислота (креатинфосфат, фосфокреатин) — 2-уксусная кислота. Бесцветные кристаллы, растворимые в воде, легко гидролизуется с расщеплением фосфамидной связи N-P в кислой среде, устойчива в щелочной.
Агранулоциты — лейкоциты, в цитоплазме которых, в отличие от гранулоцитов, не содержится азурофильных гранул (англ. Azurophilic granule).
Кресцентин — белок, который является бактериальным гомологом промежуточных филаментов эукариотических клеток. У тубулинов и актинов, главных цитоскелетных белков, есть прокариотические гомологи — белки FtsZ и MreB; также белки промежуточные филаменты эволюционно связаны с белком кресцентином.
Триптофановый репрессор (или репрессор trp ) является фактором транскрипции, участвует в управлении метаболизмом аминокислот. Его лучше всего изучать на примере кишечной палочки, где он является димерным белком, который регулирует транскрипцию 5 генов в триптофановом опероне. Когда аминокислота триптофан в изобилии в клетке, он связывается с белком, что вызывает конформационные изменения в белке Репрессорный комплекс затем связывается со своей операторной последовательностью в генах, которую он регулирует...
Фотосистема представляет собой функциональную и структурную единицу белковых комплексов, которые осуществляют первичные фотохимические реакции фотосинтеза: поглощение света, преобразование энергии и перенос электронов. Фотосистемы находятся в тилакоидной мембраны растений, водорослей и цианобактерий (в растениях и водорослях они расположены в хлоропластах), либо в цитоплазматической мембране фотосинтезирующих бактерий. В общем случае все фотосистемы подразделяют на два типа — подобные фотосистеме...
Тетрагидробиоптерин (BH4) — кофермент, участвующий в ряде важных биохимических реакций, в частности в процессах гидроксилирования на этапе промежуточного обмена ароматических аминокислот.