СЛОЙ, сло́я, предл. в сло́е и (разг.) в слою́, мн. слои́, слоёв, м. 1. Пласт чего-л., лежащий в ряду других пластов или покрывающий какую-л. поверхность. Верхние слои атмосферы. Слои древесины. Слой льда. Слой жира. (Малый академический словарь, МАС)
СЛОЙ, сло́я, предл. в сло́е и (разг.) в слою́, мн. слои́, слоёв, м. 1. Пласт чего-л., лежащий в ряду других пластов или покрывающий какую-л. поверхность. Верхние слои атмосферы. Слои древесины. Слой льда. Слой жира.
Все значения слова «слой»НАЧИ́НКА, -и, ж. 1. Действие по знач. глаг. начинить1—начинять.
Все значения слова «начинка»На первый пласт выложите ровным слоем начинку, прикройте вторым пластом.
Она отличалась высокими краями из теста и толстым слоем начинки.
Кстати, на тонкую лепёшку лучше выкладывать небольшой слой начинки, но не слишком сырой.