Петр Великий принял первые меры для введения яицких казаков в общую систему государственного управления. В 1720 году яицкое войско отдано было в ведомство Военной коллегии. Казаки возмутились, сожгли свой городок с намерением бежать в киргизские степи, но были жестоко усмирены полковником Захаровым. Сделана была им перепись, определена служба и назначено жалованье. Государь сам назначил войскового атамана.
Во оном войсковых атаманов объявлении показано и сие, якобы хивинцы с того времени оную горловину, которая из Аральского моря в Каспийское впала, на устье ее от Каспийского моря завалили, в таком рассуждении, дабы в предбудущие времена из моря в море судами ходу не было; но я последнее сие обстоятельство за неимением достовернейших известий не утверждаю, а представляю оное так, как мне от помянутых войсковых атаманов сказано.
Тому благоприятствовали возникшие раздоры между войсковым атаманом Меркурьевым и войсковым старшиною Логиновым и разделение через то казаков на две стороны: Атаманскую и Логиновскую, или народную.
Генерал-майор Траубенберг пошел им навстречу с войском и пушками, приказывая разойтиться; но ни его повеления, ни увещания войскового атамана не имели никакого действия.
Войсковой атаман Андрей Бородин был отставлен; на его место выбран Петр Тамбовцев; члены канцелярии осуждены уплатить войску, сверх удержанных денег, значительную пеню; но они умели избегнуть исполнения приговора.
«Сие последнее известие основано им на предании, полученном в 1748 году от яикского войскового атамана Ильи Меркурьева, которого отец, Григорий, был также войсковым атаманом, жил сто лет, умер в 1741 году и слышал в молодости от столетней же бабки своей, что она, будучи лет двадцати от роду, знала очень старую татарку, по имени Гугниху, рассказывавшую ей следующее: «Во время Тамерлана один донской казак, по имени Василий Гугна, с 30 человеками товарищей из казаков же и одним татарином, удалился с Дона для грабежей на восток, сделал лодки, пустился на оных в Каспийское море, дошел до устья Урала и, найдя окрестности оного необитаемыми, поселился в них.
Вот что пишет г. Левшин о казацких кругах: «Коль скоро, бывало, получится какой-нибудь указ или случится какое-нибудь общее войсковое дело, то на колокольне соборной церкви бьют сполох, или повестку, дабы все казаки сходились на сборное место к войсковой избе, или приказу (что ныне канцелярия войсковая), где ожидает их войсковой атаман.