Перед смертью передо всеми каялся, все про себя рассказал и завещал: его поминаючи, молиться за упокой еще двадцати восьми душ, им убиенных; семерых поименно, а остальных так велел поминать: «Их же имена ты, Господи, веси».
Но Иоанн по-прежнему то предавался подозрениям и казнил самых лучших, самых знаменитых граждан, то приходил в себя, каялся всенародно и посылал в монастыри богатые вклады и длинные синодики с именами убиенных, приказывая молиться за их упокой.
На другой день рядовые и офицеры, в полных мундирах, отправились к кургану, на котором стояло уже множество крестов, поставленных в вечную память павшим братьям. Туда же прибыл и Александр Васильевич. Приказав отслужить общую панихиду по убиенным, он с усердием молился и по окончании священнодействия, произнес надгробную речь.
— Эй, Гермоген, побойся бога, не проливай напрасной крови… Келарь Пафнутий давно бы сдал нам монастырь и братия тоже, а ты один упорствуешь. На твою голову падет кровь на брани убиенных. Бог-то все видит, как ты из пушек палишь. Волк ты, а не инок.