Остальные жгутиконосцы из-за больших биохимических и морфологических различий частично выделены в самостоятельный отдел (эвгленовые водоросли), частично считаются классами отдела пирофитовых водорослей (перидинеи и криптомонады) или других отделов (
хризомонады – отдела золотистых водорослей, вольвоксовые – отдела зелёных водорослей).