Подготовка субстрата включает в себя следующие операции, не обязательно в указанной последовательности: предварительная очистка субстрата от посторонних примесей (провеивание, промывка и т. д.), смешивание компонентов, доведение механического состояния субстрата до приемлемого (измельчение, плющенье,
счёсывание, разрыхление и т. д.), доведение влажности субстрата до приемлемого (чаще увлажнение, бывает отжим или сушка), обеззараживание (термическое, биологическое или химическое), иногда преобразование химического состава субстрата для лучшего роста и развития мицелия, иногда доведение температуры субстрата до приемлемого (обычно охлаждение).