Хорошо сохранившиеся древнейшие ископаемые губки известны с кембрийского периода, начавшегося 541 миллион лет назад, однако филогенетический анализ и биомаркеры свидетельствуют о том, что губки существовали намного раньше, а в осадочных породах возрастом 750 миллионов лет учёные нашли кремниевые
спикулы – элементы минерализованного скелета губок.