Органами добычи пищи и транспортировки её внутрь тела служат: у корненожек – псевдоподии, у жгутиковых – жгутики и иногда близ его основания рот, у инфузорий – ресничный аппарат в
предротовой области и реснички всего тела.
Из оригинальностей – только окружающая жаберные отверстия атриальная полость с отверстием наружу – атриопором, что напоминает мантию моллюсков, а также довольно хитрый ротовой аппарат со щупальцами, парусом (диафрагмой со звездообразным ротовым отверстием между
предротовой воронкой и глоткой), эндостилем снизу и наджаберной мерцательной бороздкой сверху.